mkdssp - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

mkdssp - вычисляет вторичную структуру белков в файле PDB

СИНТАКСИС

мкдссп [ВАРИАНТ] pdbfile [dsspfile]

ОПИСАНИЕ

Ассоциация мкдссп программа была первоначально разработана Вольфгангом Кабшем и Крисом Сандером для
стандартизировать назначение вторичной структуры. DSSP - база данных вторичной структуры
назначения (и многое другое) для всех записей белков в базе данных белков (PDB) и
мкдссп это приложение, которое вычисляет записи DSSP из записей PDB. Пожалуйста, обрати внимание
который мкдссп приносит не предсказывать вторичная структура.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Если вы вызовете мкдссп только с одним параметром, он будет интерпретирован как файл PDB для
процесс и вывод будут отправлены на стандартный вывод. Если указан второй параметр, это
интерпретируется как имя создаваемого файла DSSP. И входной, и выходной файл
имена могут иметь расширение .gz или .bz2, что приводит к правильному сжатию.

-i, --Вход имя файла
Имя файла PDB форматированный файл, содержащий данные о структуре белка. Этот
файл может быть файлом, сжатым с помощью gzip или bzip2.

-o, --выход имя файла
Имя файла DSSP файл для создания. Если имя файла заканчивается на .gz или .bz2 a
сжатый файл создается.

-v, --подробный
Выпишите диагностическую информацию.

--версия
Распечатайте номер версии и выйдите.

-h, --Помогите
Распечатайте справочное сообщение и выйдите. Каталог, содержащий скрипты парсера для
Миссис.

ТЕОРИЯ

Программа DSSP рассчитывает наиболее вероятное присвоение вторичной структуры заданной
3D-структура протеина. Он делает это, считывая положение атомов в
белка (записи ATOM в файле PDB) с последующим вычислением энергии Н-связи
между всеми атомами. Затем используются две наилучшие Н-связи для каждого атома для определения наиболее
вероятный класс вторичной структуры для каждого остатка в белке.

Это означает, что вам действительно нужна полная и достоверная трехмерная структура, чтобы белок мог
рассчитать вторичную структуру. В DSSP нет магии, поэтому, например, он не может угадать
вторичная структура для мутировавшего белка, трехмерная структура которого отсутствует.

DSSP ФАЙЛОВ ФОРМАТ

Заголовочная часть каждого файла DSSP самоочевидна, она содержит некоторую информацию.
скопировано из файла PDB, и есть некоторая статистика, собранная при вычислении
вторичная структура.

Вторая половина файла содержит расчетную информацию о вторичной структуре для каждого
остаток. Ниже приводится краткое объяснение каждого столбца.

Column Имя Описание
───────────────────────────────────────────────────── ────────────────────────────────────────────
# Номер остатка, подсчитанный mkdssp
RESIDUE Номер остатка, указанный в файле PDB.
за которым следует идентификатор цепочки.

AA Однобуквенный код аминокислоты. Если это
буква в нижнем регистре означает, что это
цистеин, образующий серный мостик с
другая аминокислота в этом столбце с тем же
строчная буква.
СТРУКТУРА Это сложный столбец, содержащий несколько под
столбцы. Первый столбец содержит букву
с указанием вторичной структуры, присвоенной
этот остаток. Допустимые значения:
Code Описание
H Альфа-спираль
B Бета Мост
Е прядь
Г Хеликс-3
Я Спираль-5
т поворот
S-образный изгиб
Ниже приведены три столбца, указывающие на
каждый из трех типов спиралей (3, 4 и 5)
является ли этот остаток кандидатом на формирование
эта спираль. А > символ указывает, что он начинает
спирали, число указывает, что она находится внутри такого
спираль и < символ означает, что это конец спирали.
Следующий столбец содержит символ S, если это
остаток - возможный изгиб.
Затем есть столбец с указанием хиральности.
и это может быть как положительное, так и отрицательное
(т.е. альфа-кручение либо положительное, либо
отрицательный).
Последние два столбца содержат метки бета-мостов.
Нижний регистр здесь означает параллельный мост и, следовательно,
верхний регистр означает антипараллельность.
BP1 и BP2 Первый и второй кандидаты на пару мостов, это
следует буква, обозначающая лист.
ACC Доступность этого остатка, это
площадь поверхности, выраженная в квадрате Ангстрема, что
доступны молекулы воды.
NH -> O..O -> HN Четыре столбца, они дают для каждого остатка
Энергия водородной связи с другим остатком, где
текущий остаток является либо акцептором, либо донором.
Каждый столбец содержит два числа, первое -
смещение от текущего остатка до
партнерский остаток в этой Н-связи (в DSSP
нумерация), второе число - вычисленное
энергия для этой Н-связи.
TCO Косинус угла между C = O
текущий остаток и C = O предыдущего остатка. Для
альфа-спирали, TCO около +1, для бета-листов
TCO близка к -1. Не используется для структуры
определение.
Каппа Виртуальный связующий угол (угол изгиба), определяемый
три атома C-альфа остаточного тока
- 2, ток и ток + 2. Используется для определения
изгиб (код конструкции "S").
Углы скручивания остова пептида PHI и PSI IUPAC.
X-CA, Y-CA и Z-CA Координаты C-альфа

ИСТОРИЯ

Первоначальное приложение DSSP было написано Вольфгангом Кабшем и Крисом Сандером на языке Pascal.
Эта версия полностью переписана на C ++ на основе исходного исходного кода. Несколько ошибок
были исправлены с тех пор, и алгоритмы были изменены здесь и там.

TODO

Код отчаянно нуждается в обновлении. Первое, что нужно реализовать, - это
улучшено распознавание пи-спиралей. Вторым усовершенствованием было бы использование угла, зависящего от угла.
Расчет энергии водородной связи.

Используйте mkdssp онлайн с помощью сервисов onworks.net