Это команда obprobe, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
Obprobe - создать сетку электростатического зонда
СИНТАКСИС
Obprobe [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ] напишите пчг имя файла
ОПИСАНИЕ
Инструмент obprobe создает сетку вокруг молекулы, помещая атом зонда с указанным
тип атома и частичный заряд в каждой точке для расчета энергии MMFF94. Это можно использовать
для экспериментов по стыковке для проверки сродства водородных связей, электростатического потенциала и т. д.
Вывод отправляется на стандартный вывод с использованием формата куба Гаусса.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Если имя файла не указано, obprobe предоставит все параметры, включая примеры зондов.
-s размер шага
Установите разрешение сетки (шаг)
-p набивка
Установите padding - дополнительное расстояние с каждой стороны коробки, образованной молекулой.
напишите Тип атома MMFF94
пчг MMFF94 частичная зарядка
ПРИМЕРЫ
Проверьте файл pyridines.sdf с помощью карбонильного кислорода - акцептора водородной связи с
частичный заряд -0.57:
obprobe 7-0.57 pyridines.sdf
Проверьте файл pyridines.sdf с помощью атома углерода фенила - гидрофобного атома без
частичная оплата:
obprobe 37 0.0 pyridines.sdf
Используйте obprobe онлайн с помощью сервисов onworks.net