Это команда profisis, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
profisis - сайты белок-белкового взаимодействия, идентифицированные по последовательности
СИНТАКСИС
profisis [ОПЦИЯ]
ОПИСАНИЕ
profisis (ISIS) - это метод на основе машинного обучения, который определяет взаимодействующие остатки
только из последовательности. Хотя метод разработан с использованием переходного белок-белкового
интерфейсов из комплексов экспериментально известных трехмерных структур, он никогда явно не использует
3D-информация. Вместо этого мы объединяем предсказанные структурные особенности с эволюционными
Информация. Самые надежные предсказания этого метода достигли точности более 90% в кросс-тестировании.
валидационный эксперимент. Наши результаты показывают, что, несмотря на значительное разнообразие
характер белок-белковых взаимодействий, все они имеют общие базовые принципы и
эти принципы можно определить только по последовательности.
Конверсия of ПСИ-ВЗРЫВ выравнивание в HSSP формат
Самую последнюю процедуру можно найти на сайте
.
1. Преобразуйте выходные данные BLAST в формат единого выравнивания (SAF):
/usr/share/librg-utils-perl/blast2saf.pl fasta = maxAli = 3000 eSaf = 1
saf =
2. Преобразуйте формат SAF в HSSP:
/usr/share/librg-utils-perl/copf.pl formatIn = saf formatOut = hssp
fileOut = exeConvertSeq = convert_seq
3. Отфильтруйте результаты до 80% избыточности:
/usr/share/librg-utils-perl/hssp_filter.pl красный = 80 fileOut =
Результат формат
См. Описание - форматировать опцию.
Ссылки
Офран Ю. и Рост Б. (2007). ISIS: сайты взаимодействия, идентифицированные по последовательности.
Биоинформатика, 23(2), e13-6.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Обязательные параметры
--fastafile
файл, содержащий вашу последовательность в формате fasta
--hsspfile
файл с данными hssp для последовательности в --fastafile
--rdbprofile
файл с выводом prof для последовательности в --fastafile
--outfile
выходной файл
Необязательные параметры
- форматировать
выходной формат [pp | prval], по умолчанию = pp
pp Формат PredictProtein:
Выход :: = Header_Line Binary_Out Raw_Out
Header_Line :: = '>' Header_String '\ n'
Двоичный_выход :: = (Horiz_Sequence '\ n' Bin_Pred '\ n \ n') +
Horiz_Sequence :: = Amino_Acid_One_Letter_Code {, 40}
Bin_Pred :: = [P -] {, 40}
«P» обозначает связующий остаток.
Raw_Out :: = (Amino_Acid_Number '' Amino_Acid_One_Letter_Code '' Prediction_Score '\ n') +
Prediction_Score :: = Integer_Value
См. Примеры выходных данных в / usr / share / doc / profisis / examples.
првал
('resn resi predicted_value') +, например
'1 M 25'
'2 R 36'
...
--отлаживать
--nodebug
По умолчанию: --nodebug
- сжатый
Краткий вывод (вывести значения без достоверности).
Параметры, управляющие постобработкой - эти параметры влияют только на верхнюю часть экрана.
Формат вывода 'pp'
--gap = int
по умолчанию = 20
--stretch = int
по умолчанию = 5
--crd = число
по умолчанию = 7
--crd-ограничение
--nocrd-ограничение
По умолчанию: --crd-Restriction. Используйте исходный ($ crd = undef) код (--crd-Restriction) или
используйте новый ($ cr) код (--nocrd-Restriction).
ПРИМЕРЫ
profisis --fastafile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A.fasta --hsspfile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A.hssp --rdbproffile / usr / share / doc / profisis / examples / 3A1P_A .rdbProf --outfile /tmp/3A1P_A.profisis
ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА
ПРОФИСИСКОНФ
Расположение файла конфигурации для использования, переопределение других файлов конфигурации
Используйте profisis онлайн с помощью сервисов onworks.net