Это команда pymol, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
pymol - бесплатный и гибкий пакет молекулярной графики и моделирования
СИНТАКСИС
пимол [кредита] [файлов]
ОПИСАНИЕ
С годами PyMOL превратился в способную молекулярную программу просмотра с поддержкой анимации,
высококачественный рендеринг, кристаллография и другие стандартные действия с молекулярной графикой.
Его приняли многие сотни (возможно, даже тысячи) ученых из разных стран.
тридцать стран. Тем не менее, PyMOL все еще находится в стадии разработки.
ожидается, что это будет продолжаться в ближайшие годы.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
В настоящее время поддерживаются следующие параметры:
-2 Запускаем в режиме двухкнопочной мыши.
-c Режим командной строки, без графического интерфейса. Для серийных работ.
-d string
Запустить командную строку pymol при запуске.
-e Запускаем в полноэкранном режиме.
-f #линия
Управляет отображением команд и обратной связи в OpenGL (0=от).
-g файл.png
Напишите файл PNG (после оценки предыдущих аргументов)
-i Отключите внутренний графический интерфейс OpenGL (список объектов, меню и т. Д.)
-l файл.py
Создать программу на Python в новом потоке.
-o Отключите защиту для файлов сеанса.
-p Слушайте команды на стандартном вводе.
-q Тихий запуск. Подавить заставку и прочую болтовню.
-r файл.py
Запустите программу Python (в __main__) при запуске.
-s скрипт
Сохраните команды в этот скрипт PyMOL или файл программы.
-t Используйте внешний графический интерфейс на основе Tcl / Tk (pmg_tk).
-u скрипт
Загрузите и добавьте к этому скрипту PyMOL или файлу программы.
-x Отключите внешний модуль графического интерфейса.
-B Включить стереосигнал синей линии (для Mac стерео)
-G Начните в игровом режиме.
-M Принудительно моно даже при наличии аппаратного стерео.
-R Запустите приемник XMLRPC Грега Ландрума.
-S По возможности форсируйте и запускайте в стерео.
-X Int -Y Int -W Int -H Int -V Int
Отрегулируйте геометрию окна.
Все файлов предоставленный будет загружен или запущен после запуска PyMOL. У них может быть одно из
следующие расширения:
.pml командный сценарий PyMOL, запускаемый при запуске
.py [cm] Программа Python, запускаемая при запуске
Файл формата .pdb Protein Data Bank загружается при запуске.
.mmod Формат макромодели для загрузки при запуске
.mol файл MDL MOL для загрузки при запуске
.sdf файл MDL SD для анализа и загрузки при запуске
.xplor Файл карты X-PLOR (ASCII) для загрузки при запуске
.ccp4 Файл карты CCP4 (ДВОИЧНЫЙ) для загрузки при запуске
.cc [12] Файл декартовых координат ChemDraw 3D.
.pkl Модель маринованного ChemPy (класс "chempy.model.Indexed")
.r3d Файл Raster3D
.cex файл CEX (Метафорика)
.top файл топологии AMBER
.crd файл координат AMBER
.rst файл перезапуска AMBER
.trj AMBER траектория
.pse файл сеанса PyMOL
.phi Карта электростатического потенциала Delphi / Grasp
Для получения списка параметров вы также можете ввести следующее в командной строке пимол:
помощь запуск
КОМАНДЫ
См. Онлайн-документацию PyMols по адресу
http://www.pymolwiki.org/index.php/Category: Команды или его внутренняя помощь для команды
Справка.
Используйте pymol онлайн с помощью сервисов onworks.net