Это команда pymvpa2-prepare-afni-surf, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
Prep_afni_surf - предварительная обработка поверхностей FreeSurfer для AFNI / SUMA
ОПИСАНИЕ
использование: pymvpa2 -pap-afni-surf [-h] [-v] [-s SID] [-d SURFDIR] [-a ANATVOL]
[-e EPIVOL] [-x EXPVOL] [-E {да, нет}] -r РЕФДИР
[-p ШАГИ] [-l LD] [--overwrite] [--hemi {l, r, l + r}] [-S {да, нет}] [--aea_opts
AEA_OPTS] [-I] [-A {да, нет}] [-f {gifti, ascii}] [-T] [-t]
Анатомическая предварительная обработка для выравнивания поверхностей FreeSurfer с данными AFNI.
Он предоставляет функциональные возможности для:
- конвертировать поверхности FreeSurfer в формат AFNI / SUMA (используя SUMA_Make_Spec_FS).
- передискретизация поверхностей в соответствии со стандартной топологией (с использованием MapIcosahedron) с различным разрешением.
- создавать дополнительные поверхности путем усреднения существующих.
- регистрация вывода фрисерфера в анатомический или функциональный объем AFNI / SUMA (с использованием
align_epi_anat.py).
- запустите @AddEdge, чтобы визуализировать регистрацию.
- объединить левое (lh) и правое (rh) полушария в один файл (mh).
- создавать различные виды левой + правой надутых поверхностей.
- генерировать файлы спецификации SUMA и сценарии оболочки see_suma *.
Этот сценарий предполагает конвейер обработки с FreeSurfer для реконструкции поверхности и
AFNI / SUMA для совместной регистрации и визуализации. В частности, предполагается, что поверхности
были реконструированы с помощью программы Recon-all FreeSurfer. Более подробную информацию можно найти в
документация доступна на http://surfing.sourceforge.net
Если EPI из нескольких сеансов выровнены, этот сценарий должен использовать разные каталоги.
для refdir для каждого сеанса, иначе могут возникнуть конфликты имен.
Эта функция не выполняет повторную выборку или преобразование каких-либо функциональных данных. Вместо этого поверхности
преобразованы в соответствие с ANATVOL или EPIVOL.
Для типичного использования требуется три аргумента: (1) «-e epi_filename» или «-a.
anat_filename "(2)" -d freesurfer / directory / surf "(3)" -r outputdir "'(*)" -T "[если
"epi_filename" / "anat_filename" находится в пространстве шаблона (MNI / Tal) "
Примечание:
- Проверьте выравнивание визуально.
- Поддерживаются файлы Nifti (.nii или .nii.gz), но AFNI может не прочитать
{S, Q} - форма информации должным образом. Если функциональные данные были предварительно обработаны с помощью другой программы.
чем AFNI, пожалуйста, проверьте выравнивание визуально с программой, отличной от AFNI, например
МРТкрон.
АВТОРСКИЕ ПРАВА
Авторские права 2010-2012 Николаас Н. Остерхофnikolaas.oosterhof@unitn.it>
необязательный аргументы:
-h, --Помогите
показать это справочное сообщение и выйти
-v, --версия
показать номер версии программы и выйти
-s СИД, --сид SID
идентификатор субъекта, используемый в @SUMA_Make_Spec_FS
-d СУРФДИР, --surfdir СУРФДИР
FreeSurfer surf / каталог
-a АНАТВОЛ, --анатвол АНАТВОЛ
Анатомический, который, как предполагается, соответствует интересующим данным EPI
-e ЭПИВОЛ, --эпивол ЭПИВОЛ
Интересующие данные EPI
-x ЭКСПВОЛ, --expvol EXPVOL.
Экспериментальный объем, на который настроен SurfVol
-E {да нет}, --исепи {да нет}
Является ли экспериментальный объем EPI (да) или анатомическим (нет)
-r РЕФДИР, -o РЕФДИР, --refdir РЕФДИР
Каталог вывода, в котором объемы и поверхности относятся к ANATVOL или
ЭПИВОЛ
-p ШАГИ, --шаги ШАГИ
Шаги обработки разделены символами "+" -. "все" по умолчанию и эквивалентно
на "toafni + mapico + moresurfs + Skullstrip + align + madepec + madepecboth + Makeurfmasks"
-l ЛД, --ld LD
Линейные отклонения MapIcosahedron, например 80 или 16 + 96 (для обоих 16 или 96). По умолчанию
is 4+8+16+32+64+128
- перезаписать
Перезаписать существующие файлы
--хеми {l, r, l + r}
Полусферы для обработки ([l + r])
-S {да нет}, --expvol_ss {да нет}
Экспериментальный объем полосы черепа ([да], нет)
--aea_opts AEA_OPTS
Параметры, заданные для align_epi_anat ([-cmass cmass + xyz -big_move])
-I, --личность
Использовать преобразование идентичности между SurfVol и anat / epivol (без согласования)
-A {да нет}, --AddEdge {да нет}
Запустите AddEdge на выровненных томах ([да])
-f {gifti, ascii}, --surfformat {gifti, ascii}
Формат вывода поверхностей: ascii (по умолчанию - пока) или gifti.
-T, --шаблон
Укажите, что экспериментальный том (предоставленный '-e', '-a' или '-x') находится в
пространство шаблона. Это добавит "-Allineate_opts '-maxrot 10 -максшф 10 -maxscl 1.5»
в --aea_opts
-t, --notemplate
Укажите, что экспериментальный том (предоставленный '-e', '-a' или '-x') не входит в
пространство шаблона.
Эта функция * экспериментальная *; с помощью - перезаписать опция может удалить и / или перезаписать
существующие файлы.
Используйте pymvpa2-Pre-afni-surf в Интернете с помощью сервисов onworks.net