readseq - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

readseq - считывает и записывает нуклеиновые / белковые последовательности в различных форматах.

СИНТАКСИС

чтение [-параметры] дюйм. сек > out.seq

ОПИСАНИЕ

Эта страница руководства кратко документирует чтение команда. Эта страница руководства была написана для
дистрибутив Debian GNU / Linux, потому что исходная программа не имеет руководства
страница. Вместо этого у него есть документация в текстовой форме, см. Ниже.

чтение читает и записывает биопоследовательности (нуклеиновые / белковые) в различных форматах. Дата файлы
может иметь несколько последовательностей. чтение особенно полезен, поскольку он автоматически обнаруживает
много форматов последовательностей и взаимных преобразований между ними.

ФОРМАТЫ

Форматы, которые в настоящее время поддерживает readseq:

* IG / Stanford, используется Intelligenetics и другими
* GenBank / GB, формат плоских файлов genbank
* Формат NBRF
* EMBL, формат плоских файлов EMBL
* GCG, формат одиночной последовательности программного обеспечения GCG
* DNAStrider, для распространенной программы Mac
* Формат Fitch, ограниченное использование
* Pearson / Fasta, распространенный формат, используемый программами Fasta и другими
* Формат Zuker, ограниченное использование. Только ввод.
* Olsen, формат, напечатанный редактором последовательности Olsen VMS. Только ввод.
* Phylip3.2, последовательный формат для программ Phylip
* Phylip, чередующийся формат для программ Phylip (v3.3, v3.4)
* Обычный / необработанный, только данные последовательности (без имени, документа, нумерации)
+ Многопоследовательный формат MSF, используемый программным обеспечением GCG
+ Формат множественной последовательности PAUP (NEXUS)
+ Формат PIR / CODATA, используемый PIR
+ Формат ASN.1, используемый NCBI
+ Симпатичная печать с различными вариантами для красивого вывода. Только вывод.
+ Формат LinAll, ограниченное использование (программы LinAll и ConStruct)
+ Венский формат, используемый программами ViennaRNA

Подробную информацию о форматах файлов см. В прилагаемом файле «Форматы».

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

-Помощь Показать сводку опций.

-все] Выбрать все последовательности

-c [ниже]
Изменить на нижний регистр

-C [ASEUPPER]
Изменить на ВЕРХНИЙ РЕГИСТР

-degap [= -]
Удалить символы разрыва

-i [tem = 2,3,4]
Выберите номер позиции из нескольких

-список]
Только список последовательностей

-o [utput =] out.seq
Перенаправить вывод

-трубка]
Труба (командная строка, стандартный вывод)

-задний ход]
Изменить на обратное дополнение

-подробный]
Подробный прогресс

-f [ormat =] # Формат номер для вывод, or
-f [ormat =] Имя Формат имени для вывода:
1. IG / Stanford 11. Phylip3.2
2. GenBank / Великобритания 12. Филип
3. NBRF 13. Обычная / необработанная
4. EMBL 14. PIR / CODATA
5. ГКГ 15. MSF
6. ДНКСтрайдер 16. АСН.1
7. Fitch 17. PAUP / NEXUS
8. Пирсон / Фаста 18. Pretty (только на выходе)
9. Zuker (только внутри) 19. LinAll
10. Olsen (только для посетителей) 20. Вена

Довольно варианты формата:

-wid [th] = #
Ширина линии последовательности

-tab = # Левый отступ

-col [пробел] = #
Пространство столбца в строке последовательности при выводе

-gap [количество]
Подсчет пробелов в порядковых номерах

-имя, -nameright [= #]
Имя слева / справа [= максимальная ширина]

-название
Имя вверху / внизу

-числослева, -число
Индекс Seq слева / справа

-нумтоп, -нумбот
Индекс вверху / внизу

-матч [=.]
Используйте базу совпадений для 2..n видов

-inter [строка = #]
Пустые строки между блоками последовательности

ПРИМЕРЫ

чтение
- для интерактивного использования

readseq my.1st.seq my.2nd.seq -all -format = genbank -output = my.gb
- преобразовать все два входных файла в один выходной файл формата genbank

readseq my.seq -all -form = pretty -nameleft = 3 -numleft -numright -numtop -match
- вывод на стандартный вывод файла в красивом формате

readseq my.seq -item = 9,8,3,2 -degap -CASE -rev -f = msf -out = my.rev
- выберите 4 элемента из input, degap, reverse и прописными буквами

cat * .seq | readseq -pipe -all -format = asn> связка-of.asn
- передать кучу данных через readseq, конвертируя все в asn

Используйте readseq онлайн с помощью сервисов onworks.net