Это команда show-diff, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
show-diff - показать информацию о различиях (часть пакета mummer)
СИНТАКСИС
показать разницу [опции]
ОПИСАНИЕ
-f Вывод информации о различиях в виде функций AMOS
-h Показать справочную информацию
-H Не показывать заголовок
-q Показать информацию о различиях для запросов
-r Показывать различную информацию для ссылок (по умолчанию)
Выводит список структурных различий для каждой последовательности в справочнике и запросе,
отсортировано по позиции. Для ссылочной последовательности R и соответствующей ей запрашиваемой последовательности Q,
различия классифицируются как GAP (разрыв между двумя взаимно согласованными выравниваниями), DUP
(вставленная дупликация), BRK (другая вставленная последовательность), JMP (перегруппировка), INV
(перегруппировка с инверсией), SEQ (перегруппировка с другой последовательностью). Первые пять
столбцы вывода - это идентификатор последовательности, тип объекта, начало объекта, конец объекта и объект.
длина. Дополнительные столбцы добавляются в зависимости от типа функции. Отрицательная особенность
длины указывают на перекрывающиеся соседние блоки выравнивания.
IDR GAP зазор-начало зазор-конец зазор-длина-R зазор-длина-Q зазор-разн.
IDR DUP dup-start dup-end длина дублирования
IDR BRK зазор-начало зазор-конец зазор-длина
IDR JMP промежуток-начало промежуток-конец промежуток-длина
IDR INV промежуток-начало промежутка-конец промежутка-длина
IDR SEQ промежуток-начало-конец промежутка длина промежутка предыдущая последовательность следующая последовательность
Позиции всегда ссылаются на последовательность с данным идентификатором. Сумма пятого столбца
(без учета отрицательных значений) - это общий объем вставленной последовательности. Подводя итоги пятого
столбец после удаления функций DUP представляет собой общую уникальную вставленную последовательность. Обратите внимание, что невыровненный
Последовательности не учитываются и могут представлять дополнительные «уникальные» последовательности. Видеть
документацию с советами о том, как интерпретировать эти особенности разрыва выравнивания.
Используйте show-diff онлайн с помощью сервисов onworks.net