Это команда subread-buildindex, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
subread-buildindex - строит индекс базового или цветового пространства, используя ссылку
последовательности
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ
субчтение-buildindex [опции] -o {FASTA file1} [FASTA file2] ...
Обязательные аргументы:
-o
базовое имя создаваемого индекса
Дополнительные аргументы:
-F построить полный индекс для эталонного генома. Подчитки 16bp будут извлечены из
каждая позиция эталонного генома. Размер индекса обычно в 3 раза больше
размер индекса, созданного с использованием настройки по умолчанию.
-B создать один блок index. Построенный индекс не будет разбит на несколько частей.
Это приводит к тому, что при выполнении выравнивания запрашивается наибольший объем памяти, но
это позволяет достичь максимальной скорости отображения. Эта опция отменяет -M когда
он также предоставляется.
-M
размер запрошенной памяти (RAM) в мегабайтах, по умолчанию 8000.
-f
укажите порог для удаления неинформативных подпотоков (часто повторяющиеся 16меры
в ссылке). 100 по умолчанию.
-c построить индекс цветового пространства.
-v выходная версия программы.
Дополнительные сведения об этих аргументах см. В Руководстве пользователя.
subread- 1.5.0-p1 + dfsg-2
Используйте subread-buildindex онлайн с помощью сервисов onworks.net