Это команда vcf-query, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
vcf-query - запросить файлы VCF
СИНТАКСИС
запрос-vcf [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ] файл.vcf.gz
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-c, --колонны
Список имен столбцов, разделенных запятыми.
-f, --формат
По умолчанию это "% CHROM:% POS \ t% REF [\ t% SAMPLE =% GT] \ n".
-l, --список столбцов
Список столбцов.
-r, --область chr: от-до
Получить регион. (Бегает табикс.)
-h, - ?, --Помогите
Это справочное сообщение.
ПРИМЕРЫ
query-vcf file.vcf.gz 1: 1000-2000 -c NA001, NA002, NA003 query-vcf file.vcf.gz -r
1: 1000-2000 -f '% CHROM:% POS \ t% REF [\ t% SAMPLE:% * =,] \ n' query-vcf file.vcf.gz -f
'[% GT \ t]% LINE \ n' query-vcf file.vcf.gz -f '% CHROM \ t% POS \ t% INFO / DP \ t% FILTER \ n'
Используйте vcf-query онлайн с помощью сервисов onworks.net