Это приложение для Linux под названием clusterProfiler, последнюю версию которого можно скачать в файле clusterProfilersourcecode.tar.gz. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите бесплатно онлайн это приложение под названием clusterProfiler с OnWorks.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ:
clusterProfiler
ОПИСАНИЕ:
clusterProfiler — это пакет R/Bioconductor, обеспечивающий унифицированный рабочий процесс для анализа функционального обогащения, позволяющий интерпретировать результаты высокопроизводительных омикс-анализов. Он поддерживает как анализ перепредставленности, так и анализ обогащения наборов генов, позволяя работать с неранжированными списками генов или ранжированной статистикой из дифференциальных конвейеров. Пакет подключается к нескольким базам знаний, таким как Gene Ontology, KEGG, Reactome, Disease Ontology, MeSH и другим, через единый интерфейс, что позволяет выполнять запросы к различным биологическим линзам без переписывания кода. Он разработан для широкого охвата, охватывая кодирующие и некодирующие признаки и тысячи организмов благодаря использованию постоянно обновляемых аннотаций. Результаты возвращаются в виде аккуратных, удобных для манипуляций структур и естественным образом сочетаются с богатыми функциями визуализации (через сопутствующие инструменты) для обобщения путей, терминов и взаимосвязей генов с наборами.
Особенности
- Унифицированные рабочие процессы ORA и GSEA для нескольких источников аннотаций
- Широкая поддержка видов с использованием актуальных аннотаций генов
- Аккуратные выходные данные, которые легко интегрируются с нисходящими конвейерами данных R
- Встроенная визуализация результатов обогащения с помощью сопутствующих инструментов построения графиков
- Утилиты сравнения нескольких групп (например, compareCluster) для анализа перекрестных условий
- Подробные описания и руководства для воспроизводимых сквозных исследований обогащения
Язык программирования
R
Категории
Это приложение также можно загрузить с сайта https://sourceforge.net/projects/clusterprofiler.mirror/. Оно размещено в OnWorks для максимально удобного запуска онлайн с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.