Это приложение для Linux под названием codonPhyML для запуска в Linux в Интернете, последний выпуск которого можно загрузить как codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием codonPhyML, чтобы работать в Linux онлайн с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ:
codonPhyML для работы в Linux онлайн
ОПИСАНИЕ:
codonPhyML использует марковские модели кодонов эволюции при реконструкции филогении. Учитывая набор видов, характеризуемых их последовательностями ДНК в качестве входных данных, codonPhyML вернет филогенетическое дерево, которое наилучшим образом описывает их эволюционные отношения. Наша статья с описанием codonPhyML была опубликована в журнале «Молекулярная биология и эволюция» (MBE). Подробности по ссылке: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML на обложке MBE! Проверьте это (август 2013 г.): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.Для многомодельной версии CodonPhyML используйте архив 'codonphyml_multi.tgz'.
Особенности
- Марковские кодонные модели эволюции: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- Эвристика поиска топологии дерева NNI и SPR
- параметры скорости замещения, оцениваемые по максимальному правдоподобию
- многоядерная поддержка через OpenMP
- вероятность сопоставима для разных моделей (например, AA, NT и CODON)
Аудитория
Наука / Исследования, Образование
Интерфейс пользователя
Консоль / Терминал, Командная строка
Язык программирования
C
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.