Это приложение для Linux под названием ForceGen, последний выпуск которого можно загрузить как ForceGenV0.4.jar. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение ForceGen с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ:
ForceGen
ОПИСАНИЕ:
Пожалуйста, процитируйте:ForceGen: определение константы атомной ковалентной связи для Gromacs. Нэш А., Кольер Т., Берч ХЛ, де Леу Нью-Хэмпшир. Журнал молекулярного моделирования (2018), (24) 5. DOI: 10.1007 / s00894-017-3530-6
Видео-инструкция:
https://youtu.be/fQVXv8Ge_tg
Этот исполняемый файл jar на Java выводит константы силы связи второго порядка для растяжения и угла связи из квантово-механических расчетов по Гауссу. Расчеты совместимы с семейством силовых полей Янтаря или любым силовым полем, полученным из тензора второго порядка гессиана из молекулярных фрагментов. Вывод был сделан совместимым с форматом топологии Gromacs.
Примеры использования включают определение констант силы связи и значений равновесия для:
-связанные металлы в активных центрах белков
-модифицированные аминокислоты
-малые молекулы / молекулы лекарств
Архив с примерами файлов можно найти, перейдя по ссылке «Просмотреть все файлы».
Автор доктор Энтони Нэш (Оксфорд)
При поддержке доктора Томаса Кольера, профессора Хелен Берч и
Особенности
- Расчет постоянной силы растяжения связки
- Получение постоянной силы угла связывания
- Совместимость с топологией Gromacs
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/forcegen/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.