Это приложение для Linux под названием metawatt для запуска в Linux онлайн, последний выпуск которого можно загрузить как MetaWatt-3.5.3.zip. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием metawatt, чтобы работать в Linux онлайн с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ:
метаватт для работы в Linux онлайн
ОПИСАНИЕ:
Биннер Metawatt - это графический инструмент объединения, который использует многомерную статистику частот тетрануклеотидов и бинирование на основе дифференциального покрытия. Он также выполняет таксономическую оценку качества биннинга (с помощью алмазного BLASTx). Созданные бункеры можно редактировать и экспортировать как fasta. Metawatt реализован в Java SWING и минимально зависит от Diamond, HMMer3.1, BBMap, Prodigal и библиотеки Batik для экспорта графики SVG.Цитирование: Strous M, Kraft B, Bisdorf R, TegetMeyer H (2012) Объединение метагеномных контигов для микробной физиологии смешанных культур. Границы микробной физиологии и метаболизма 3: 410. DOI: 10.3389 / fmicb.2012.00410
Особенности
- Комбинированный тетрануклеотид и биннинг по дифференциальному охвату метагеномных контигов
- Графический пользовательский интерфейс для исследования данных
- Таксономическое профилирование бункеров с помощью Diamond blastp
- Обнаружение консервативных генов единичных копий
- Филогенетическое древовидное построение бункеров на основе консервативных генов
- Интерактивные графики GC / покрытия или покрытия / покрытия
- Также работает полностью автоматически в командной строке
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Java-свинг
Язык программирования
Java
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/metawatt/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.