Это приложение для Linux с именем MspJI-seq_pipeline1.0 для запуска в Linux в Интернете, последний выпуск которого можно загрузить как pipeline1.0.tar.gz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием MspJI-seq_pipeline1.0, чтобы запускать в Linux онлайн с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
MspJI-seq_pipeline1.0 для запуска в Linux онлайн
ОПИСАНИЕ:
MspJI-seq_pipeline1.0 является конвейером для секвенирования MspJI-переваривания в исследовании метилирования ДНК. Зависимое от модификации расщепление рестрикционной эндонуклеазой MspJI в сочетании с секвенированием следующего поколения может оценить состояние метилирования местоположения цитозина «CNNR» в геноме путем сопоставления высокопроизводительных считываний с эталонными последовательностями. MspJI-seq_pipeline1.0 разработан как универсальная программа отображения для обработки этих особых характеристик MspJI-seq. Его выравнивание основано на программе с открытым исходным кодом SOAP (Short Oligo Alignment Program), а распознавание сайтов mCNNR выполняется с помощью регулярного выражения в perl.Аудитория
Наука / Исследования
Язык программирования
Perl
Среда базы данных
Плоский файл
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/mspjiseqpipelin/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.