Это приложение для Linux под названием PTESFinder, последнюю версию которого можно загрузить как ptesfinder_v1.tar.gz. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием PTESFinder с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
PTESFinder
ОПИСАНИЕ:
PTESFinder - это вычислительный конвейер для идентификации событий посттранскрипционного перетасовки экзонов из высокопроизводительных данных RNAseq. PTESFinder использует мощь установленных инструментов RNASeq и систематически исключает все известные классы ложноположительных структур, применяя строгие фильтры, специально разработанные для этих ложных срабатываний. PTESFinder сравнивает качество сопоставления карт считывания с предполагаемыми структурами PTES с качествами тех же считываний при сопоставлении с областями генома и транскриптами с каноническим сплайсингом. Такой подход увеличивает доверие к чтению, поддерживающему PTES. Чтения, исходящие из событий переключения шаблона, часто характеризуются большими отступами при выравнивании с транскриптомом. PTESFinder использует дополнительные фильтры для исключения считываний с неоднозначным выравниванием вокруг переходов экзон-экзон PTES, что еще больше повышает уверенность в этих поддерживающих считываниях. PTESFinder идентифицирует больше структур PTES, чем другие опубликованные методы, сохраняя при этом высокую специфичность.
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Командная строка
Язык программирования
Оболочка Unix, Java
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.