Это приложение для Windows под названием DEBay для запуска в Windows в сети поверх Linux в сети, последняя версия которого может быть загружена как Results.rar. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием DEBay для работы в Windows онлайн поверх Linux онлайн с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите любой онлайн-эмулятор OS OnWorks с этого сайта, но лучше онлайн-эмулятор Windows.
- 5. В только что запущенной ОС Windows OnWorks перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение и установите его.
- 7. Загрузите Wine из репозиториев программного обеспечения вашего дистрибутива Linux. После установки вы можете дважды щелкнуть приложение, чтобы запустить его с помощью Wine. Вы также можете попробовать PlayOnLinux, необычный интерфейс поверх Wine, который поможет вам установить популярные программы и игры для Windows.
Wine - это способ запустить программное обеспечение Windows в Linux, но без Windows. Wine - это уровень совместимости с Windows с открытым исходным кодом, который может запускать программы Windows непосредственно на любом рабочем столе Linux. По сути, Wine пытается заново реализовать Windows с нуля, чтобы можно было запускать все эти Windows-приложения, фактически не нуждаясь в Windows.
СКРИНШОТЫ:
DEBay будет работать в Windows онлайн поверх Linux онлайн
ОПИСАНИЕ:
DEBay: деконволюция ансамбля через байесовский подходDEBay оценивает экспрессию гена, специфичного для определенного типа клеток, путем деконволюции количественных данных ПЦР в смешанной популяции. Это будет полезно в экспериментах, где разделение разных типов клеток в образце затруднено, но можно измерить долю разных типов клеток в образце. DEBay использует данные о распределении популяции и данные qPCR для расчета относительной экспрессии целевого гена в разных типах клеток в образце.
Инструкция по установке и руководство пользователя DEBay: https://sourceforge.net/projects/debay/files/UserManual.pdf
Пример набора тестовых данных: https://sourceforge.net/projects/debay/files/Test_data/
Информация для цитирования: Вималатхитан Деварадж и Биплаб Бос. DEBay: вычислительный инструмент для деконволюции количественных данных ПЦР для оценки экспрессии генов, специфичных для типа клеток, в смешанной популяции. bioRxiv 2020 doi: https://doi.org/10.1101/2020.04.10.035642
Особенности
- Развертывает экспрессию гена, специфичного для определенного типа клеток, на основе количественных данных ПЦР.
- Развертывает как зависящие от времени, так и независимые данные экспрессии генов
- Использует байесовский метод оценки параметров
- Выдает статистику предполагаемых параметров
Аудитория
Наука / Исследования, Образование, Техника
Интерфейс пользователя
Проект - это система пользовательского интерфейса (UI)
Язык программирования
Питон
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/debay/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.