Это приложение для Windows под названием NGSEP, последний выпуск которого можно загрузить как NGSEPwindows_4.1.0.zip. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием NGSEP с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите любой онлайн-эмулятор OS OnWorks с этого сайта, но лучше онлайн-эмулятор Windows.
- 5. В только что запущенной ОС Windows OnWorks перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение и установите его.
- 7. Загрузите Wine из репозиториев программного обеспечения вашего дистрибутива Linux. После установки вы можете дважды щелкнуть приложение, чтобы запустить его с помощью Wine. Вы также можете попробовать PlayOnLinux, необычный интерфейс поверх Wine, который поможет вам установить популярные программы и игры для Windows.
Wine - это способ запустить программное обеспечение Windows в Linux, но без Windows. Wine - это уровень совместимости с Windows с открытым исходным кодом, который может запускать программы Windows непосредственно на любом рабочем столе Linux. По сути, Wine пытается заново реализовать Windows с нуля, чтобы можно было запускать все эти Windows-приложения, фактически не нуждаясь в Windows.
СКРИНШОТЫ:
НГСЭП
ОПИСАНИЕ:
NGSEP - это интегрированная платформа для анализа данных высокопроизводительного секвенирования ДНК. Основное использование NGSEP - это построение и последующий анализ больших наборов данных о геномных вариациях. NGSEP выполняет точное обнаружение и генотипирование однонуклеотидных вариантов (SNV), малых и больших инделей, коротких тандемных повторов (STR), инверсий и вариантов числа копий (CNV). NGSEP также предоставляет модули для функциональной аннотации, фильтрации, преобразования формата, сравнения, кластеризации, вменения, анализа интрогрессии и различных видов статистики. Полный список функций доступен в нашей вики (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
НОВОСТИ: Мы только что сделали доступной первую версию нашего ассемблера геномов de-novo. Более подробная информация доступна в вики.
Особенности
- Сборка геномов De-novo
- Согласование необработанных чтений с эталонным геномом
- Обнаружение SNP, CNV и структурных вариантов
- Управление VCF: функциональная аннотация, слияние, фильтрация, сравнение, преобразование формата, вменение
- Читает демультиплексирование
- Выравнивание аннотированных сборок генома
- Статистика и фильтрация аннотаций транскриптомов в формате GFF3
Аудитория
Здравоохранение, Наука / Исследования, Другая аудитория, Сельское хозяйство
Интерфейс пользователя
Java SWT, консоль / терминал, Eclipse
Язык программирования
Java
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.