abyss-pe - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

abyss-pe - รวบรวมอ่านเป็น contigs

เรื่องย่อ

เหว-pe [ทางเลือกที่-พารามิเตอร์=มูลค่า-ทำให้_TARGET] ...

DESCRIPTION

รวบรวมการอ่านของไฟล์อินพุตเป็น contigs การอ่านอาจอยู่ใน FASTA, FASTQ
qseq, ส่งออก, รูปแบบ SRA, SAM หรือ BAM และอาจบีบอัดด้วย gz, bz2 หรือ xz และอาจเป็น
ทาร์เร็ด

abyss-pe เป็นสคริปต์ Makefile ตัวเลือกการผลิตใดๆ สามารถใช้กับ abyss-pe ได้

พารามิเตอร์ of เหว-pe
ชื่อ, JOB_NAME
ชื่อของการชุมนุมนี้ โครงที่ได้จะถูกเก็บไว้ใน
${name}-scaffolds.fa

in ไฟล์อินพุต ใช้ตัวแปรนี้เมื่อรวบรวมข้อมูลจากไลบรารีเดียว

lib รายการของชื่อไลบรารีปลายคู่ที่คั่นด้วยช่องว่างในเครื่องหมายคำพูด ใช้ตัวแปรนี้
เมื่อรวบรวมข้อมูลจากไลบรารีปลายคู่หลายตัว สำหรับแต่ละชื่อห้องสมุดใน
lib ผู้ใช้ต้องกำหนดตัวแปรในบรรทัดคำสั่งด้วยชื่อเดียวกัน ซึ่ง
ระบุไฟล์ที่อ่านสำหรับไลบรารีนั้น ดู ตัวอย่าง ด้านล่างสำหรับคอนกรีต
ตัวอย่างการใช้งาน

pe รายการของไลบรารี่ปลายคู่ที่จะใช้สำหรับการรวม unitigs เข้าเป็น .เท่านั้น
contigs และจะไม่นำไปสู่ลำดับฉันทามติ

mp รายชื่อห้องสมุดคู่คู่ที่จะใช้สำหรับนั่งร้าน ห้องสมุดคู่คู่
ไม่มีส่วนร่วมในลำดับฉันทามติ

ยาว รายชื่อไลบรารีลำดับยาวที่จะใช้สำหรับนั่งร้านใหม่ ลำดับยาว
ห้องสมุดไม่ได้มีส่วนร่วมในลำดับฉันทามติ

se ไฟล์ที่มีการอ่านปลายด้านเดียว

a จำนวนกิ่งสูงสุดของฟอง [2]

b ความยาวสูงสุดของฟองอากาศ (bp) [10000]

c ค่าเฉลี่ยความครอบคลุม k-mer ขั้นต่ำของ unitig [ตร.ว(ค่ามัธยฐาน)]

d ข้อผิดพลาดที่อนุญาตของการประมาณระยะทาง (bp) [6]

e การกัดเซาะขั้นต่ำ k-mer ครอบคลุม [ตร.ว(ค่ามัธยฐาน)]

E การกัดเซาะขั้นต่ำ k-mer ครอบคลุมต่อเกลียว [1]

j จำนวนกระทู้ [2]

k ขนาดของ k-mer (เมื่อไม่ได้ตั้งค่า K) หรือสแปนของคู่ k-mer (เมื่อตั้งค่า K)

K ขนาดของ k-mer เดียวในคู่ k-mer (bp)

l ความยาวการจัดตำแหน่งขั้นต่ำของการอ่าน (bp) [k]

m การทับซ้อนกันขั้นต่ำของสอง unitigs (bp) [30]

n จำนวนคู่ขั้นต่ำที่จำเป็นสำหรับการก่อสร้างส่วนต่อประสาน [10]

N จำนวนคู่ขั้นต่ำที่จำเป็นสำหรับการสร้างนั่งร้าน [n]

p เอกลักษณ์ของลำดับขั้นต่ำของฟองสบู่ [0.9]

q คุณภาพฐานขั้นต่ำเมื่อตัดแต่ง [3]
ตัดแต่งฐานจากปลายการอ่านที่มีคุณภาพน้อยกว่า q

Q คุณภาพฐานขั้นต่ำ [0]
ปิดบังฐานการอ่านทั้งหมดที่มีคุณภาพน้อยกว่า Q เป็น `N'

s ขนาดหน่วยขั้นต่ำที่จำเป็นสำหรับส่วนต่ออาคาร (bp) [200]
ความยาวของเมล็ดควรมีความยาวอย่างน้อยสองเท่าของค่า k ถ้าลำดับเพิ่มเติมคือ
ประกอบเกินขนาดจีโนมที่คาดไว้ ลองเพิ่ม s

S ขนาด contig ขั้นต่ำที่จำเป็นสำหรับการสร้างนั่งร้าน (bp) [s]

SS SS=--SS เพื่อประกอบในโหมดเฉพาะสาระ
กำหนดให้ไลบรารีทั้งหมดเป็นไลบรารี RNA-Seq เฉพาะสแตรนด์ ถือว่า
การอ่านครั้งแรกในคู่การอ่านจะย้อนกลับ WRT การถอดเสียงตามลำดับ

t ขนาดปลายขั้นต่ำ (bp) [2k]

v v=-v เพื่อเปิดใช้งานการบันทึกแบบละเอียด

np, สล็อต
จำนวนกระบวนการของการประกอบ MPI

มปีรัน เส้นทางสู่มพิรุณ

เป็นเส้นตรง
โปรแกรมที่จะใช้เพื่อจัดตำแหน่งการอ่านให้ contigs [แผนที่]
ค่าที่อนุญาตคือ: map, kaligner, bwa, bwasw, bowtie, bowtie2, dida ดู
ดีด้า ส่วนด้านล่างสำหรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับตัวเลือก dida

cs แปลงส่วนต่อของสเปซสีเป็นคอนติคของนิวคลีโอไทด์หลังการประกอบ

Options of ทำ
-n, --ดรายรัน
พิมพ์คำสั่งที่จะดำเนินการ แต่ไม่ต้องดำเนินการ

ทำ เป้าหมาย for เหว-pe
ผิดนัด
เทียบเท่ากับ `scaffolds scaffolds-dot stats'

หน่วย
ประกอบหน่วย.

unitigs-จุด
แสดงผลกราฟทับซ้อน unitig

พี่แซม แม็พ paired-end อ่าน unitigs และส่งออกไฟล์ SAM ไฟล์ SAM เท่านั้น
มีการแมปการอ่านไปยัง contig ที่แตกต่างกัน และ ID การอ่าน ลำดับและคุณภาพ
สตริงจะถูกแทนที่ด้วยอักขระ '*'

พี่แบม แม็พ paired-end อ่าน unitigs และส่งออกไฟล์ BAM ไฟล์ BAM เท่านั้น
มีการแมปการอ่านไปยัง contig ที่แตกต่างกัน และ ID การอ่าน ลำดับและคุณภาพ
สตริงจะถูกแทนที่ด้วยอักขระ '*'

pe-ดัชนี
สร้างดัชนีของ unitigs ที่ใช้โดย abyss-map

การติดเชื้อ
ประกอบ contigs

contigs-จุด
แสดงผลกราฟทับซ้อน contig

mp-sam แมปคู่คู่อ่านไปยัง contigs และส่งออกไฟล์ SAM ไฟล์ SAM เท่านั้น
มีการแมปการอ่านไปยัง contig ที่แตกต่างกัน และ ID การอ่าน ลำดับและคุณภาพ
สตริงจะถูกแทนที่ด้วยอักขระ '*'

mp-แบม แมปคู่คู่อ่านไปยัง contigs และส่งออกไฟล์ BAM ไฟล์ BAM เท่านั้น
มีการแมปการอ่านไปยัง contig ที่แตกต่างกัน และ ID การอ่าน ลำดับและคุณภาพ
สตริงจะถูกแทนที่ด้วยอักขระ '*'

mp-ดัชนี
สร้างดัชนีของ contigs ที่ใช้โดย abyss-map

นั่งร้าน
ประกอบนั่งร้าน.

นั่งร้าน-จุด
แสดงผลกราฟทับซ้อนของโครงนั่งร้าน

นั่งร้าน
ทำลายโครงและสร้างไฟล์ AGP

ขลุ่ยยาว
นั่งร้านโดยใช้ RNA-Seq ประกอบ contigs

ยาว-scaffs-dot
ส่งออกกราฟทับซ้อนโครงนั่งร้าน RNA

สถิติ แสดงสถิติความต่อเนื่องของการประกอบ

ปลาเดยส์ ลบไฟล์ระดับกลาง

รุ่น
แสดงเวอร์ชันของ abyss-pe

รุ่น
แสดงเวอร์ชันของโปรแกรมทั้งหมดที่ใช้โดย abyss-pe

ช่วย แสดงข้อความที่เป็นประโยชน์

ดีด้า

ABySS รองรับการใช้ DIDA (Distributed Indexing Dispatched Alignment) ซึ่งใช้ MPI
กรอบการจัดตำแหน่งสำหรับการคำนวณการจัดตำแหน่งการจัดตำแหน่งข้ามเครื่องหลายเครื่อง ใช้
DIDA กับ ABySS ก่อนอื่นให้ดาวน์โหลดและติดตั้ง DIDA จาก
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/didaจากนั้นระบุ `dida` เป็นค่าของ
เป็นเส้นตรง พารามิเตอร์ เหว-pe.

ที่เกี่ยวข้องกับ DIDA เหว-pe พารามิเตอร์
Dida_MPIRUN
คำสั่ง `mpirun` ใช้เพื่อรันงาน DIDA

DISA_RUN_OPTIONS
ตัวเลือกรันไทม์ เช่น จำนวนเธรดต่ออันดับ MPI และค่าสำหรับสภาพแวดล้อม
ตัวแปร (เช่น PATH, LD_LIBRARY_PATH) เรียกใช้ `abyss-dida --help` เพื่อดูรายการ
ตัวเลือกที่มีอยู่

DIDA_OPTIONS
ตัวเลือกที่ส่งตรงไปยังไบนารี DIDA ตัวอย่างเช่น สามารถใช้
เพื่อควบคุมเกณฑ์ความยาวการจัดตำแหน่งขั้นต่ำ เรียกใช้ `dida-wrapper --help` สำหรับ a
รายการตัวเลือกที่มีอยู่

โคมไฟ ความเข้ากันได้
เนื่องจากการใช้มัลติเธรด DIDA ได้ทราบปัญหาการหยุดชะงักของ OpenMPI โดยใช้
ขอแนะนำไลบรารี MPICH MPI อย่างยิ่งเมื่อรันแอสเซมบลีด้วย DIDA การทดสอบ
เสร็จสิ้นด้วย MPICH 3.1.3 รวบรวมด้วย --enable-threads=funneled

ตัวอย่าง
การกำหนดค่ารันไทม์ที่แนะนำสำหรับ DIDA คือ 1 อันดับ MPI ต่อเครื่องและ 1 เธรดต่อ
ซีพียูคอร์ ตัวอย่างเช่น ในการรันแอสเซมบลีใน 3 โหนดคลัสเตอร์ที่มี 12 คอร์แต่ละคอร์ ให้ทำดังนี้

abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa' aligner=dida
DIDA_RUN_OPTIONS='-j12' DIDA_MPIRUN='mpirun -np 3 -ppn 1 -ผูกเข้ากับบอร์ด'

ตัวอย่างนี้ใช้ตัวเลือกบรรทัดคำสั่ง MPICH สำหรับ "mpirun" ที่นี่ `-np 3` หมายถึง
จำนวนอันดับ MPI `-ppn 1` ระบุจำนวนอันดับ MPI ต่อ "โหนด" และ
`-bind-to board` กำหนด "โหนด" ให้เป็นมาเธอร์บอร์ด (เช่นเครื่องเต็ม)

และพวกเรา ตัวแปร

พารามิเตอร์ใด ๆ ที่อาจระบุไว้ในบรรทัดคำสั่งอาจถูกระบุใน an
ตัวแปรสภาพแวดล้อม

เส้นทาง ต้องมีไดเร็กทอรีที่ติดตั้งโปรแกรมเรียกทำงาน ABySS ใช้ `เหว-
pe เวอร์ชัน 'เพื่อตรวจสอบว่า PATH ได้รับการกำหนดค่าอย่างถูกต้อง

ทีเอ็มพีดีอาร์ ระบุไดเร็กทอรีที่จะใช้สำหรับไฟล์ชั่วคราว

ตารางเวลา บูรณาการ
ABySS ทำงานร่วมกับตัวจัดกำหนดการงานของคลัสเตอร์ได้ดี เช่น:
* SGE (เครื่องยนต์ซันกริด)
* ระบบแบตช์แบบพกพา (PBS)
* โหลดการแบ่งปันสิ่งอำนวยความสะดวก (LSF)
* ไอบีเอ็ม LoadLeveler

อาจใช้ตัวแปรสภาพแวดล้อม SGE JOB_NAME, SGE_TASK_ID และ NSLOTS เพื่อระบุ
ชื่อพารามิเตอร์ k และ np ตามลำดับ และในทำนองเดียวกันสำหรับตัวกำหนดตารางเวลาอื่นๆ

ตัวอย่าง

หนึ่ง คู่ปลาย ห้องสมุด
abyss-pe k=64 ชื่อ=ecoli ใน='reads1.fa reads2.fa'

แพลตฟอร์มที่หลากหลาย คู่ปลาย ห้องสมุด
abyss-pe k=64 ชื่อ=ecoli lib='lib1 lib2'
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa'
se='se1.fa se2.fa'

ปลายคู่ และ คู่คู่ ห้องสมุด
abyss-pe k=64 ชื่อ=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2'
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa'
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa'
se='se1.fa se2.fa'

รวมทั้ง RNA-Seq ประกอบ
abyss-pe k=64 ชื่อ=ecoli lib=pe1 mp=mp1 ยาว=long1
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa'
long1=long1.ฟะ

โคมไฟ
abyss-pe np=8 k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8
abyss-pe n=10 in='reads1.fa reads2.fa'

ใช้ abyss-pe ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net