นี่คือคำสั่ง andi ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
andi - ประมาณการระยะทางวิวัฒนาการ
เรื่องย่อ
Andi [-เจแอลวี] [-b INT] [-p ลอย] [-m MODEL] [-t INT] ไฟล์...
DESCRIPTION
Andi ประมาณการระยะทางวิวัฒนาการระหว่างจีโนมที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด สำหรับสิ่งนี้ Andi
อ่านลำดับอินพุตจาก ฟาสต้า ไฟล์และคำนวณระยะห่างของจุดยึดแบบคู่ NS
แนวคิดเบื้องหลังสิ่งนี้อธิบายไว้ในบทความโดย Haubold et al (ดูด้านล่าง).
เอาท์พุท
ผลลัพธ์เป็นเมทริกซ์ระยะทางสมมาตรใน ฟิลลิป รูปแบบ โดยแต่ละรายการเป็นตัวแทนของ
ไดเวอร์เจนซ์กับจำนวนจริงบวก ระยะห่างของศูนย์หมายความว่าสองลำดับคือ
เหมือนกัน ในขณะที่ค่าอื่นเป็นการประมาณการสำหรับอัตราการแทนที่นิวคลีโอไทด์ (Jukes-
แก้ไขต้นเสียง) ด้วยเหตุผลทางเทคนิค การเปรียบเทียบอาจล้มเหลวและไม่สามารถประมาณการได้
คำนวณ ในกรณีดังกล่าว น่าน ถูกพิมพ์ นี่หมายความว่าลำดับอินพุตเป็น
สั้นเกินไป (<200bp) หรือหลากหลายเกินไป (K>0.5) สำหรับวิธีการของเราในการทำงานอย่างถูกต้อง
OPTIONS
-NS, --บูตสแตรป
คำนวณเมทริกซ์ระยะทางหลายตัวด้วย n-1 หลุดตั้งแต่ครั้งแรก ดู
กระดาษ Klötzl & Haubold (2016, ในการตรวจสอบ) สำหรับคำอธิบายโดยละเอียด
-j, --เข้าร่วม
ใช้โหมดนี้หากแต่ละ .ของคุณ ฟาสต้า ไฟล์แทนแอสเซมบลีที่มีจำนวนมาก
รอยต่อ Andi จากนั้นจะถือว่าลำดับที่มีอยู่ทั้งหมดต่อไฟล์เป็นไฟล์เดียว
จีโนม ในโหมดนี้ต้องระบุชื่อไฟล์อย่างน้อยหนึ่งชื่อผ่านบรรทัดคำสั่ง
อาร์กิวเมนต์ สำหรับผลลัพธ์ ชื่อไฟล์จะใช้เพื่อระบุแต่ละลำดับ
-l, --หน่วยความจำต่ำ
ในโหมดมัลติเธรด Andi ต้องการหน่วยความจำเชิงเส้นตามจำนวนเธรด NS
โหมดหน่วยความจำต่ำจะเปลี่ยนเป็นความต้องการคงที่โดยไม่ขึ้นกับจำนวนที่ใช้
ของเธรด น่าเสียดายที่สิ่งนี้มาพร้อมกับต้นทุนรันไทม์ที่สำคัญ
-m, --แบบอย่าง
รองรับแบบจำลองวิวัฒนาการนิวคลีโอไทด์ที่แตกต่างกัน ตามค่าเริ่มต้น Jukes-Cantor
ใช้การแก้ไข
-p
ความสำคัญของคู่สมอ ค่าเริ่มต้น: 0.05
-t
จำนวนเธรดที่จะใช้ ตามค่าเริ่มต้น โปรเซสเซอร์ที่มีอยู่ทั้งหมดจะถูกใช้
มัลติเธรดใช้ได้ก็ต่อเมื่อ Andi ถูกคอมไพล์ด้วยการสนับสนุน OpenMP
-v, --รายละเอียด
พิมพ์ข้อมูลเพิ่มเติม ใช้หลาย ๆ ครั้งเพื่อความละเอียดอ่อนเป็นพิเศษ
-h, --ช่วยด้วย
พิมพ์เรื่องย่อและคำอธิบายของตัวเลือกที่มี
--รุ่น
ส่งออกข้อมูลรุ่นและรับทราบ
ลิขสิทธิ์
ลิขสิทธิ์ © 2014, 2015 Fabian Klötzl License GPLv3+: GNU GPL เวอร์ชัน 3 หรือใหม่กว่า
นี่เป็นซอฟต์แวร์ฟรี: คุณสามารถเปลี่ยนแปลงและแจกจ่ายต่อได้ ไม่มีการรับประกัน
ตามขอบเขตที่กฎหมายอนุญาต ข้อความใบอนุญาตฉบับเต็มสามารถดูได้ที่
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
กิตติกรรมประกาศ
1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. และ Pfaffelhuber, P. (2015). andi: รวดเร็วและแม่นยำ
การประมาณระยะทางวิวัฒนาการระหว่างจีโนมที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด
2) อัลกอริทึม: Ohlebusch, E. (2013) อัลกอริธึมชีวสารสนเทศ การวิเคราะห์ลำดับจีโนม
การจัดเรียงใหม่และการสร้างสายวิวัฒนาการใหม่ หน้า 118f
3) การก่อสร้าง SA: Mori, Y. (2005) คำอธิบายสั้น ๆ ของคำต่อท้ายสองขั้นตอนที่ปรับปรุงแล้ว
อัลกอริทึมการเรียงลำดับ http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
ใช้ andi ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net