นี่คือคำสั่ง autodock4 ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
autodock - การเทียบท่าของลิแกนด์เคมีกับตัวรับโปรตีน
เรื่องย่อ
ออโต้ด็อก4 [ตัวเลือก]
DESCRIPTION
AutoDock ทำการเทียบท่าอัตโนมัติของสารประกอบทางเคมีกับโปรตีน กล่าวคือ มันคาดการณ์
โมเลกุลขนาดเล็ก เช่น สารตั้งต้นหรือตัวยา จับกับตัวรับ 3D . ที่รู้จักได้อย่างไร
โครงสร้าง
AutoDockSuite ประกอบด้วยสองโปรแกรมหลักที่ AutoDock ทำการเทียบท่าของ
ลิแกนด์ไปยังชุดกริดที่อธิบายโปรตีนเป้าหมายและ AutoGrid คำนวณล่วงหน้า
กริดเหล่านี้
OPTIONS
-p Parameter_filename
-l log_filename
-o ใช้รูปแบบ PDBQ แบบเก่า ชาร์จ q ในคอลัมน์ 55-61
-k เก็บเลขเดิมไว้
-i ละเว้นการตรวจสอบส่วนหัว
-t แยกวิเคราะห์ไฟล์ PDBQ เพื่อตรวจสอบแรงบิด จากนั้นหยุด
-c < command_file โหมดคำสั่ง โดย file
-c | control_program โหมดคำสั่ง โดย control_program
ตัวอย่าง
บน Debian ไดเร็กทอรี /usr/share/doc/autodock มีตัวอย่างให้เรียกใช้ เปลี่ยนเป็นสิ่งนั้น
ไดเร็กทอรีและแตกไฟล์ (เป็นรูท) ไฟล์แผนที่ gzipped จากนั้นรัน AutoDock ตามที่แสดง
ด้านล่าง:
gunzip *.map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
การตีความผลลัพธ์ได้รับความช่วยเหลือจากชุดเครื่องมือ AutoDockTools โปรดตรวจสอบ
บทเรียนที่นำเสนอออนไลน์
ใช้ autodock4 ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net