cleanasn - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

cleanasn - ล้างสิ่งผิดปกติในวัตถุ NCBI ASN.1

เรื่องย่อ

ทำความสะอาด [-] [-A ชื่อไฟล์] [-C Str] [-D Str] [-F Str] [-K Str] [-L ชื่อไฟล์] [-M ชื่อไฟล์]
[-N Str] [-P Str] [-Q Str] [-R] [-S Str] [-T] [-U Str] [-V Str] [-X Str] [-Z Str] [-a Str]
[-b] [-c] [-d Str] [-f Str] [-i ชื่อไฟล์] [-j ชื่อไฟล์] [-k ชื่อไฟล์] [-m Str] [-n เส้นทาง]
[-o ชื่อไฟล์] [-p เส้นทาง] [-q เส้นทาง] [-r เส้นทาง] [-v เส้นทาง] [-x ต่อ]

DESCRIPTION

ทำความสะอาด เป็นโปรแกรมอรรถประโยชน์เพื่อล้างสิ่งผิดปกติในอ็อบเจ็กต์ NCBI ASN.1

OPTIONS

สรุปตัวเลือกอยู่ด้านล่าง

- พิมพ์ข้อความการใช้งาน

-A ชื่อไฟล์
ไฟล์รายการภาคยานุวัติ

-C Str การดำเนินการตามลำดับ ตามแฟล็กใน str:
ค บีบอัด
d คลายการบีบอัด
v ช่องว่างเสมือนภายในลำดับที่แบ่งส่วน
s แปลงชุดเซกเมนต์เป็นลำดับเดลต้า

-D Str ล้างตัวอธิบายตามค่าสถานะใน str:
t ลบชื่อเรื่อง
ค ลบความคิดเห็น
n ลบชื่อชุด Nuc-Prot
e ลบ Pop/Phy/Mut/Eco Set title
m ลบ mRNA title
p ลบชื่อโปรตีน

-F Str ล้างคุณสมบัติตามค่าสถานะใน str:
u ลบ User-objects
d ลบ db_xrefs
e ลบ /หลักฐาน และ /อนุมาน
r ลบยีนซ้ำซ้อน xrefs
หลอมรวมคุณสมบัติที่ซ้ำกัน
k แพ็คเกจการเข้ารหัสภูมิภาคหรือคุณสมบัติชิ้นส่วน
z ลบหรืออัปเดตหมายเลข EC

-K Str ทำการล้างข้อมูลทั่วไป ตามแฟล็กใน str:
ข BasicSeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup (ผ่านยูทิลิตี้ภายนอก)
SeriousSeqEntryCleanup ของ
g GpipeSeqEntryCleanup
n ปรับลำดับตัวอธิบายให้เป็นปกติ
u ลบวัตถุผู้ใช้ NcbiCleanup
c ประสานรหัสพันธุกรรม
d ซิงโครไนซ์ CDS บางส่วนอีกครั้ง
m ซิงโครไนซ์ mRNA บางส่วนอีกครั้ง
t ซิงโครไนซ์เปปไทด์บางส่วนอีกครั้ง
a ปรับประกบฉันทามติ
ฉันเลื่อนขั้นเป็น Seq-ID . ที่ "แย่ที่สุด"

-L ชื่อไฟล์
ล็อกไฟล์

-M ชื่อไฟล์
ไฟล์มาโคร

-N Str ล้างลิงก์ตามค่าสถานะใน str:
o เชื่อมโยง CDS mRNA โดยคาบเกี่ยวกัน
p เชื่อมโยง CDS mRNA ตามผลิตภัณฑ์
r กำหนดรหัสคุณสมบัติใหม่
f แก้ไขรหัสคุณสมบัติซึ่งกันและกันที่ขาดหายไป
c ล้างรหัสคุณสมบัติ

-P ตัวเลือกสิ่งพิมพ์:
a ลบสิ่งพิมพ์ทั้งหมด
s ลบหมายเลขซีเรียล
f ลบรูป ลำดับ และชื่อ
r ลบหมายเหตุ
u อัปเดตสิ่งพิมพ์เฉพาะ PMID
# แทนที่ไม่ได้เผยแพร่ด้วย PMID

-Q Str รายงาน:
c จำนวนบันทึก
r ASN.1 รายงาน BSEC
s ASN.1 รายงาน SSEC
n NORM เทียบกับรายงาน SSEC
e PopPhyMutEco AutoDef รายงาน
o รายงานคาบเกี่ยวกัน
l ละติจูด-ลองจิจูด ประเทศ ต่าง
d บันทึกความแตกต่าง SSEC
g GenBank SSEC แตกต่าง
ส่วนต่าง f asn2gb/asn2flat
h ความแตกต่างของ Seg-to-delta GenBank
v เครื่องมือตรวจสอบ SSEC diff
m ปรับปรุงยีน/RNA/PCR . ให้ทันสมัย
u การค้นหาผับที่ไม่ได้เผยแพร่
p เผยแพร่การค้นหาผับ
j Unindexed Journal รายงาน
x สแกนแบบกำหนดเอง

-R การดึงข้อมูลระยะไกลจาก ID (ฐานข้อมูลลำดับ NCBI)

-S Str ตัวกรองผลต่างแบบเลือก (ข้ามตัวพิมพ์ใหญ่)
s สสส
ข BSEC
ผู้เขียน
พี สิ่งพิมพ์
l ที่ตั้ง
อาร์เอ็นเอ
q ลำดับการจัดเรียงรอบคัดเลือก
ก. Genbank บล็อก
k Package CdRegion หรือคุณสมบัติของชิ้นส่วน
m ย้ายสิ่งพิมพ์
o ทิ้งสิ่งพิมพ์ Bioseq ที่ซ้ำกัน
d เส้นนิยามอัตโนมัติ
e Pop/Phy/Mut/Eco Set คำจำกัดความของเส้น

-T การค้นหาอนุกรมวิธาน

-U Str ทันสมัย ​​ตามค่าสถานะใน str:
ก. ยีน
อาร์เอ็นเอ
p PCR ไพรเมอร์

-V Str ลบคุณสมบัติตามความรุนแรงของเครื่องมือตรวจสอบ:
r ปฏิเสธ
ข้อผิดพลาด
คำเตือน
ฉันข้อมูล

-X Str ตัวเลือกเบ็ดเตล็ด ต่อ str:
d เส้นนิยามอัตโนมัติ
e Pop/Phy/Mut/Eco Set คำจำกัดความของเส้น
n ยกตัวอย่างชื่อ NC
m สร้างอินสแตนซ์ NM titles
x ชื่อ XM พิเศษ
p ยกตัวอย่างชื่อโปรตีน
c สร้าง mRNA สำหรับลำดับการเข้ารหัส
f แก้ไขโปรตีนซึ่งกันและกัน_id/transcript_id

-Z Str ลบระบุ User-object

-a Str ASN.1 ประเภท
ใดๆ (ค่าเริ่มต้น)
e Seq-รายการ
ข Bioseq
ชุด Bioseq
m Seq-ส่ง
t การประมวลผลเป็นชุด [สตริง]

-b อินพุต ASN.1 เป็นไบนารี

-c อินพุต ASN.1 ถูกบีบอัด

-d Str ฐานข้อมูลต้นทาง
ใดๆ (ค่าเริ่มต้น)
กรัม GenBank
อี EMBL
d ดีดีบีเจ
b EMBL หรือ DDBJ
r RefSeq
n เอ็นซีบีไอ
v เฉพาะลำดับที่แบ่งส่วน
w ไม่รวมลำดับที่แบ่งส่วน
x ไม่รวม EMBL/DDBJ
y ไม่รวม gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts

-f Str ตัวกรองสตริงย่อย

-i ชื่อไฟล์
ไฟล์อินพุตเดี่ยว (ค่าเริ่มต้นเป็น stdin)

-j ชื่อไฟล์
ชื่อไฟล์แรก

-k ชื่อไฟล์
นามสกุลไฟล์

-m Str โหมด Flatfile:
r ปล่อย
อี เอนเตรซ
s เลื่อม
d การถ่ายโอนข้อมูล

-n เส้นทาง
asn2แบน executable (ค่าเริ่มต้นคือ /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o ชื่อไฟล์
ไฟล์เอาต์พุตเดี่ยว (ค่าเริ่มต้นเป็น stdout)

-p เส้นทาง
ประมวลผลไฟล์ที่ตรงกันทั้งหมดใน เส้นทาง

-q เส้นทาง
ฟฟฟฟฟ executable (ค่าเริ่มต้นคือ /netopt/genbank/เครื่องมือย่อย/bin/ffdiff)

-r เส้นทาง
เส้นทางสู่ผลลัพธ์

-v เส้นทาง
อัสวาล executable (ค่าเริ่มต้นคือ /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x ต่อ คำต่อท้ายการเลือกไฟล์สำหรับใช้กับ -p (ค่าเริ่มต้นเป็น .ent)

ใช้ cleanasn ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net