นี่คือคำสั่ง delta-filter ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
delta-filter - อ่านไฟล์การจัดตำแหน่งเดลต้าจาก nucmer หรือ promer และกรอง
การจัดตำแหน่ง
เรื่องย่อ
ตัวกรองเดลต้า [ตัวเลือก]
DESCRIPTION
-1 การจัดตำแหน่ง 1 ต่อ 1 ช่วยให้สามารถจัดเรียงใหม่ได้ (จุดตัดของ -r และ -q การจัดตำแหน่ง)
-g การจัดตำแหน่งทั่วโลก 1 ต่อ 1 ไม่อนุญาตให้มีการจัดเรียงใหม่
-h แสดงข้อมูลช่วยเหลือ
-i ลอย
ตั้งค่าเอกลักษณ์การจัดตำแหน่งขั้นต่ำ [0, 100] ค่าเริ่มต้น 0
-l int ตั้งค่าความยาวการจัดตำแหน่งขั้นต่ำ ค่าเริ่มต้น 0
-m การจัดตำแหน่งแบบหลายต่อหลายแบบเพื่อให้สามารถจัดเรียงใหม่ได้ (สหภาพของ -r และ -q การจัดตำแหน่ง)
-q แมปแต่ละตำแหน่งของข้อความค้นหาแต่ละรายการเพื่อให้ได้ผลลัพธ์ที่ดีที่สุดในข้อมูลอ้างอิง ซึ่งช่วยให้
การอ้างอิงซ้อนทับ
-r แมปแต่ละตำแหน่งของการอ้างอิงแต่ละรายการกับ Hit ที่ดีที่สุดในการค้นหา ซึ่งช่วยให้
แบบสอบถามคาบเกี่ยวกัน
-u float ตั้งค่าความเป็นเอกลักษณ์การจัดตำแหน่งขั้นต่ำ กล่าวคือ เปอร์เซ็นต์ของ
การจัดตำแหน่งที่ตรงกับการอ้างอิงที่ไม่ซ้ำกันและลำดับการสืบค้น [0, 100], ค่าเริ่มต้น 0
-o ลอย
ตั้งค่าการทับซ้อนการจัดตำแหน่งสูงสุดสำหรับ -r และ -q ตัวเลือกเป็นเปอร์เซ็นต์ของ
ความยาวการจัดตำแหน่ง [0, 100], ค่าเริ่มต้น 100
-v พิมพ์การจัดตำแหน่งที่ถูกละทิ้งแทนที่จะผ่านตัวกรอง
-b การทำสำเนาแผนที่ (XOR ของ -r และ -q การจัดตำแหน่งอย่างใดอย่างหนึ่ง แต่ไม่ใช่ทั้งสองอย่าง)
อ่านไฟล์การจัดตำแหน่งเดลต้าจาก nucmer หรือ promer และกรองการจัดตำแหน่งตาม
บนสวิตช์บรรทัดคำสั่ง เหลือเพียงการจัดตำแหน่งที่ต้องการซึ่งส่งออกไปยัง
stdout ในรูปแบบเดลต้าเดียวกับอินพุต สำหรับสวิตช์หลายตัว ลำดับการทำงาน
จะเป็นดังนี้: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. หากการจัดตำแหน่งถูกยกเว้นโดยคำนำหน้า
การดำเนินการจะถูกละเว้นโดยการดำเนินการที่ประสบความสำเร็จ
ความแตกต่างที่สำคัญระหว่าง -g ตัวเลือกและ -1 และ -m ตัวเลือกคือ -g
ต้องการการจัดตำแหน่งให้สอดคล้องกันตามลำดับในขณะที่ -1 และ -m
ไม่จำเป็นต้องมีทางเลือกที่สอดคล้องกัน ดังนั้นจึงยอมให้มีการโยกย้าย
การผกผัน ฯลฯ ในกรณีทั่วไป -m ตัวเลือกเป็นตัวเลือกที่ดีที่สุดอย่างไรก็ตาม -1 เป็นไปได้
มีประโยชน์สำหรับแอปพลิเคชัน เช่น การค้นหา SNP ซึ่งต้องใช้การแมปแบบ 1 ต่อ 1 สุดท้ายสำหรับ
การทำแผนที่แบบสอบถาม contigs หรือการจัดลำดับการอ่านไปยังจีโนมอ้างอิง use -q.
สำเนาที่พิมพ์ด้วย -b ตัวเลือกคือ -r และ -q การจัดตำแหน่งที่ไม่มีอยู่ใน
การจัดตำแหน่ง 1 ต่อ 1 การจัดตำแหน่งเหล่านี้ยังเป็นความแตกต่างระหว่าง -1 และ -m
การจัดตำแหน่ง
ใช้ delta-filter ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net