นี่คือคำสั่ง diffseqe ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
diffseq - เปรียบเทียบและรายงานคุณสมบัติของสองลำดับที่คล้ายกัน
เรื่องย่อ
ความแตกต่าง -ลำดับ ลำดับ - ผลสืบเนื่อง ลำดับ -ขนาดคำ จำนวนเต็ม
[- ความแตกต่างระดับโลก บูล] -outfile รายงาน -aoutfeat ความสำเร็จ - การแข่งขัน ความสำเร็จ
ความแตกต่าง -ช่วยด้วย
DESCRIPTION
ความแตกต่าง เป็นโปรแกรมบรรทัดคำสั่งจาก EMBOSS (“ the European Molecular Biology Open
ชุดซอฟต์แวร์”) เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มคำสั่ง "Alignment:Differences"
OPTIONS
อินพุต ส่วน
-ลำดับ ลำดับ
- ผลสืบเนื่อง ลำดับ
ต้อง ส่วน
-ขนาดคำ จำนวนเต็ม
พบบริเวณที่คล้ายกันระหว่างสองลำดับโดยการสร้างตารางแฮชของ
'wordsize'd ลำดับรองลงมา 10 เป็นค่าเริ่มต้นที่สมเหตุสมผล ทำให้ค่านี้ใหญ่ขึ้น (20?)
อาจเร่งความเร็วโปรแกรมเล็กน้อย แต่จะหมายถึงความแตกต่างสองประการภายใน
'ขนาดคำ' ของกันและกันจะถูกจัดกลุ่มเป็นภูมิภาคเดียวที่มีความแตกต่าง ค่านี้
อาจถูกทำให้เล็กลง (4?) เพื่อปรับปรุงความละเอียดของความแตกต่างในบริเวณใกล้เคียง แต่
โปรแกรมจะทำงานช้าลงมาก ค่าเริ่มต้น: 10
เพิ่มเติม ส่วน
- ความแตกต่างระดับโลก บูล
โดยปกติโปรแกรมนี้จะหาขอบเขตของตัวตนที่มีความยาวของ
ระบุขนาดคำขึ้นไปแล้วจะรายงานภูมิภาคของความแตกต่างระหว่าง
ภูมิภาคที่ตรงกันเหล่านี้ วิธีนี้ใช้ได้ผลดีและเป็นสิ่งที่คนส่วนใหญ่ต้องการหากพวกเขาเป็น
การทำงานกับลำดับกรดนิวคลีอิกที่ทับซ้อนกันเป็นเวลานาน คุณมักจะไม่สนใจ
ในปลายที่ไม่ทับซ้อนกันของลำดับเหล่านี้ หากคุณมีลำดับโปรตีนหรือสั้น
อย่างไรก็ตาม ลำดับ RNA คุณจะสนใจความแตกต่างในตอนท้าย มัน
ตัวเลือกนี้ตั้งค่าเป็นจริง จากนั้นจะรายงานความแตกต่างในตอนท้ายด้วย
ค่าเริ่มต้น: N
เอาท์พุต ส่วน
-outfile รายงาน
-aoutfeat ความสำเร็จ
ไฟล์สำหรับเอาท์พุตของคุณสมบัติของลำดับแรก ค่าเริ่มต้น: $(asequence.name).diffgff
- การแข่งขัน ความสำเร็จ
ไฟล์สำหรับเอาท์พุตของคุณสมบัติของลำดับที่สอง ค่าเริ่มต้น: $(bsequence.name).diffgff
ใช้ diffseqe ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net