gff2ps - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

gff2ps - สร้างเอาต์พุตกราฟิก PostScript จากไฟล์ GFF

เรื่องย่อ

gff2ps [ตัวเลือก] -- gff_files

DESCRIPTION

โปรแกรมนี้ดึง DotPlots ที่เติมสีจากไฟล์ที่มีเขตข้อมูลรูปแบบ gff NS
โปรแกรมใช้เป็นอินพุตคุณสมบัติที่มีคำอธิบายประกอบในลำดับจีโนมในรูปแบบ GFF และ
สร้างเอาต์พุตภาพใน PostScript

OPTIONS

-h แสดงสรุปตัวเลือก

-H
แสดงความช่วยเหลือสำหรับตัวเลือกที่ระบุเท่านั้น

-V โหมดละเอียด รายงานฉบับสมบูรณ์จะถูกส่งไปยังข้อผิดพลาดมาตรฐาน (ค่าเริ่มต้นเท่านั้น sends
คำเตือน)

-v โหมดเงียบ: ปิดใช้งานคำเตือนทั้งหมด ไม่มีข้อความที่ส่งไปยังข้อผิดพลาดมาตรฐาน

-d เขียน (หรือเขียนใหม่ถ้ามี) customfile เริ่มต้น

-D
สร้างไฟล์กำหนดเองเริ่มต้นใหม่ด้วยชื่อไฟล์ที่กำหนด

-C
โหลดไฟล์ที่กำหนดเองที่กำหนดและต่อท้ายไฟล์ที่กำหนดเองเริ่มต้น (.gff2psrc)

-s
มีประโยชน์ในการปรับเปลี่ยนขนาดหน้า (ค่าเริ่มต้นคือ a4)

-p เปลี่ยนการวางแนวหน้าเป็นแนวตั้ง (ค่าเริ่มต้นคือ แนวนอน)

-G
ตั้งค่าสีสำหรับ FOREGROUND (ค่าเริ่มต้นคือสีดำ)

-g
ตั้งค่าสีสำหรับพื้นหลัง (ค่าเริ่มต้นคือ สีขาว)

-P <#> ตั้งค่าจำนวนหน้าที่จำเป็นในการแบ่งเอาต์พุตของคุณ (ค่าเริ่มต้นคือหนึ่งหน้า)

-S <#> ซูมนิวคลีโอไทด์แรก (ค่าเริ่มต้นคือต้นกำเนิดของลำดับ)

-E <#> ซูมนิวคลีโอไทด์สุดท้าย (ค่าเริ่มต้นคือความยาวลำดับ)

-B <#> ตั้งค่าบล็อกต่อหน้า (ค่าเริ่มต้นคือหนึ่ง)

-N <#> ตั้งค่านิวคลีโอไทด์ต่อบรรทัด (ค่าเริ่มต้นคือตำแหน่งลำดับที่ใหญ่ที่สุดจากอินพุต gff-
ไฟล์).

-b บล็อกจากซ้ายไปขวาและจากบนลงล่าง (ค่าเริ่มต้นคือบนลงล่างก่อน)

-L ปิดส่วนหัว (พื้นที่หัวเรื่อง)

-T
การกำหนดชื่อ (ค่าเริ่มต้นคืออินพุตชื่อไฟล์ gff)

-t
การกำหนดคำบรรยาย (ค่าเริ่มต้นคือไม่มี)

-l ไม่แสดงเลขหน้า

-O ไม่แสดงวันที่

-o ไม่แสดงเวลา

-M <#> จำนวนเครื่องหมายถูกหลักต่อบรรทัด (ค่าเริ่มต้น 10)

-K <#> มาตราส่วนเครื่องหมายถูกหลักในนิวคลีโอไทด์ ค่าเริ่มต้นคือความยาวนิวคลีโอไทด์สำหรับเส้น
หารด้วยหมายเลขเครื่องหมายถูกหลัก (ดูตัวเลือก -T)

-m <#> จำนวนขีดรองระหว่างเครื่องหมายถูกหลัก (ค่าเริ่มต้น 10)

-k <#> มาตราส่วนเครื่องหมายขีดเล็กน้อยในค่าเริ่มต้นของนิวคลีโอไทด์คือขนาดเครื่องหมายถูกหลักหารด้วย
หมายเลขเครื่องหมายถูกเล็กน้อย (ดูตัวเลือก -t)

-w, -f ปิดการแสดงองค์ประกอบไปข้างหน้า (วัตสัน)

-ค, -r ปิดการแสดงองค์ประกอบย้อนกลับ (คริก)

-i ปิดการแสดงองค์ประกอบที่ไม่ขึ้นกับเกลียว

-0
กำหนดสีให้กับเฟรม "0" (ค่าเริ่มต้นคือสีน้ำเงิน)

-1 กำหนดสีให้กับเฟรม "1" (ค่าเริ่มต้นคือสีแดง)

-2 กำหนดสีให้กับเฟรม "2" (ค่าเริ่มต้นคือสีเขียว)

-3 กำหนดสีให้กับกรอบ "." (ค่าเริ่มต้นคือสีส้ม)

-n ปิดฉลากสำหรับตำแหน่งองค์ประกอบ

-a ปิดบรรทัด CopyRight บนพล็อต

และพวกเรา ตัวแปร

มีตัวแปรสภาพแวดล้อมสามตัวที่ผู้ใช้สามารถตั้งค่าตามความต้องการ:

+ คุณสามารถระบุเส้นทางที่ GFF2PS สามารถค้นหาไฟล์เริ่มต้นด้วยเชลล์
ตัวแปร "GFF2PS_CFDIR" ค่าเริ่มต้นคือเส้นทางที่คุณใช้ GFF2PS
+ คุณยังสามารถกำหนดชื่อไฟล์แบบกำหนดเองเริ่มต้นที่คุณต้องการด้วยตัวแปร
"GFF2PS_CUSTOMFILE" ชื่อไฟล์เริ่มต้นของโปรแกรมสำหรับไฟล์ที่กำหนดเองคือ ".gff2psrc"
+ GFF2PS ต้องเขียนไฟล์ชั่วคราวสองสามไฟล์ในไดเร็กทอรีที่มีสิทธิ์สำหรับปัจจุบัน
ผู้ใช้ในการอ่านและเขียน เส้นทางไดเรกทอรีชั่วคราวเริ่มต้นถูกตั้งค่าเป็น "/ tmp /" แต่คุณทำได้
กำหนดเส้นทางไดเรกทอรีชั่วคราวอื่นโดยใช้ตัวแปร "GFF2PS_TMP"

การตั้งค่า vars เหล่านั้นใน Bourne-shell (bash):
ส่งออก GFF2PS_CFDIR="เส้นทาง"
ส่งออก GFF2PS_CUSTOMFILE="file_name"
ส่งออก GFF2PS_TMP="เส้นทาง"

ใช้ C-Shell (csh):
setenv GFF2PS_CFDIR "เส้นทาง"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "file_name"
setenv GFF2PS_TMP "เส้นทาง"

ความคิดเห็น

* สีที่กำหนดคือ:
สีพื้นฐาน: ดำ ขาว
Variable Colours: เทา ม่วงแดง ม่วง ฟ้า ฟ้า ฟ้า เขียวน้ำทะเล เขียว มะนาว เขียว เหลือง
ส้ม แดง น้ำตาล
คุณสามารถรับเฉดสีได้ XNUMX เฉดจาก Variable Colours ด้วย "verydark", "dark", "light" และ
คำนำหน้า "เบามาก" ตัวอย่าง: verydarkseagreen darkseagreen seagreen lightseagreen
มากแสงทะเลสีเขียว

* ขนาดหน้าที่กำหนดคือ:
จาก A0 ถึง A10 จาก B0 ถึง B10, 10x14, ผู้บริหาร, โฟลิโอ, บัญชีแยกประเภท, กฎหมาย, จดหมาย, ควอร์โต,
แถลงการณ์และแท็บลอยด์

ใช้ gff2ps ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net