นี่คือคำสั่ง gmx-dos ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
gmx-dos - วิเคราะห์ความหนาแน่นของสถานะและคุณสมบัติตามนั้น
เรื่องย่อ
จีเอ็มเอ็กซ์ ดอส [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-vacf [<.xvg>]] [-mvacf [<.xvg>]] [-สอง [<.xvg>]]
[-g [<.log>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[ตอนนี้]
[-xvg ] [-[ไม่]v] [-[ไม่มี]สูตร] [-[ไม่มี]หน้าท้อง] [-[ไม่]นอร์มดอส]
[-T ] [- อดทน ] [-แอคเฟลน ] [-[ไม่]ทำให้เป็นมาตรฐาน]
[-P ] [-fitfn ] [-เริ่มต้นฟิต ]
[-จบพอดี ]
DESCRIPTION
GMX DOS คำนวณความหนาแน่นของรัฐจากการจำลอง เพื่อให้สิ่งนี้เป็น
หมายความว่าต้องบันทึกความเร็วไว้ในวิถีด้วยความถี่สูงพอสมควร
เช่นเพื่อให้ครอบคลุมทุกแรงสั่นสะเทือน สำหรับระบบที่ยืดหยุ่นซึ่งจะมีค่าประมาณไม่กี่ fs
ระหว่างการออม คุณสมบัติตาม DoS จะถูกพิมพ์บนเอาต์พุตมาตรฐานโปรดทราบว่า
ความหนาแน่นของรัฐคำนวณจากความสัมพันธ์อัตโนมัติแบบถ่วงน้ำหนักโดยค่าเริ่มต้น
จากกำลังสองขององค์ประกอบจริงมากกว่าค่าสัมบูรณ์ แปลว่า
รูปร่างอาจแตกต่างกันอย่างมากจากสเปกตรัมกำลังสั่นสะเทือนธรรมดาที่คุณสามารถคำนวณได้
ด้วย gmx velac.
OPTIONS
ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:
-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
วิถีลูกที่แม่นยำเต็ม: TRR CPT ทง
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ไฟล์อินพุตเรียกใช้ xdr แบบพกพา
-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี
ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:
-vacf [<.xvg>] (vacf.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์
-mvacf [<.xvg>] (mvacf.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์
-สอง [<.xvg>] (ดอส.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์
-g [<.log>] (ดอส.ล็อก)
ล็อกไฟล์
ตัวเลือกอื่น:
-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี
-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี
-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt = ครั้งแรก (ps)
-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์
-xvg
การจัดรูปแบบพล็อต xvg: xmgrace, xmgr, none
-[ไม่]v (ใช่)
ให้ดังและมีเสียงดัง
-[ไม่มี]สูตร (ไม่มี)
ใช้ cm^-1 บนแกน X แทน 1/ps สำหรับแปลง DoS
-[ไม่มี]หน้าท้อง (ไม่มี)
ใช้ค่าสัมบูรณ์ของการแปลงฟูริเยร์ของ VACF เป็นความหนาแน่นของ
รัฐ ค่าเริ่มต้นคือใช้ส่วนประกอบจริงเท่านั้น
-[ไม่]นอร์มดอส (ไม่มี)
ปรับ DoS ให้เป็นมาตรฐานเพื่อเพิ่มได้ถึง 3N นี้มักจะไม่จำเป็น
-T (298.15)
อุณหภูมิในการจำลอง
- อดทน (1e-06)
[HIDDEN]ความอดทนเมื่อคำนวณความลื่นไหลโดยใช้อัลกอริธึมแบบสองส่วน
-แอคเฟลน (-1)
ความยาวของ ACF ค่าเริ่มต้นคือครึ่งหนึ่งของจำนวนเฟรม
-[ไม่]ทำให้เป็นมาตรฐาน (ใช่)
ทำให้ ACF เป็นปกติ
-P (0)
ลำดับพหุนาม Legendre สำหรับ ACF (0 หมายถึงไม่มี): 0, 1, 2, 3
-fitfn (ไม่มี)
ฟังก์ชันพอดี: ไม่มี, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-เริ่มต้นฟิต (0)
เวลาที่จะเริ่มความพอดีเลขชี้กำลังของฟังก์ชันสหสัมพันธ์
-จบพอดี (-1)
เวลาที่สิ้นสุดความพอดีเลขชี้กำลังของฟังก์ชันสหสัมพันธ์ -1 คือจนถึง
ปลาย
ที่รู้จักกัน ประเด็น
· โปรแกรมนี้ต้องการหน่วยความจำมาก: การใช้งานทั้งหมดเท่ากับจำนวนอะตอมคูณ 3 เท่า
จำนวนเฟรมคูณ 4 (หรือ 8 เมื่อรันแบบ double precision)
ใช้ gmx-dos ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net