gmx-helix - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-helix - คำนวณคุณสมบัติพื้นฐานของ alpha helices

เรื่องย่อ

จีเอ็มเอ็กซ์ เฮลิกซ์ [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-cz [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ตอนนี้] [-r0 ] [-[ไม่]q] [-[ไม่]F]
[-[ไม่]db] [-[ไม่]ev] [-ahxstart ] [-ahxend ]

DESCRIPTION

GMX ส่วนที่เป็นเกลียว คำนวณคุณสมบัติของเกลียวทุกชนิด ขั้นแรกให้ตรวจสอบเปปไทด์เพื่อหา
ส่วนเกลียวที่ยาวที่สุด ตามที่กำหนดโดยพันธะไฮโดรเจนและมุม phi/psi บิตนั้นคือ
พอดีกับเกลียวในอุดมคติรอบ ๆ z-แกนและจุดศูนย์กลางรอบจุดกำเนิด จากนั้น
คำนวณคุณสมบัติต่อไปนี้:

·รัศมีเกลียว (ไฟล์ รัศมี.xvg). นี่เป็นเพียงค่าเบี่ยงเบน RMS ในสองมิติ
สำหรับอะตอมของคาลฟะทั้งหมด มันถูกคำนวณเป็น sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) โดยที่ N คือ
จำนวนอะตอมของกระดูกสันหลัง สำหรับเกลียวในอุดมคติ รัศมีคือ 0.23 นาโนเมตร

· บิด (ไฟล์ Twist.xvg). คำนวณมุมเกลียวเฉลี่ยต่อสารตกค้าง สำหรับ
alpha-helix คือ 100 องศาสำหรับ 3-10 helix จะเล็กกว่าและสำหรับ 5 helices
มันจะใหญ่ขึ้น

· เพิ่มขึ้นต่อสารตกค้าง (ไฟล์ เพิ่มขึ้น.xvg). การเพิ่มขึ้นของเกลียวต่อสารตกค้างถูกพล็อตเป็น
ความแตกต่างใน z- ประสานงานระหว่างอะตอมของคัลฟา สำหรับเกลียวในอุดมคติ นี่คือ 0.15 นาโนเมตร

· ความยาวเกลียวทั้งหมด (ไฟล์ len-ahx.xvg). ความยาวรวมของเกลียวในหน่วยนาโนเมตร นี่คือ
เพียงการเพิ่มขึ้นเฉลี่ย (ดูด้านบน) คูณจำนวนสิ่งตกค้างที่เป็นเกลียว (ดูด้านล่าง)

· ไดโพลเกลียว กระดูกสันหลังเท่านั้น (ไฟล์ จุ่ม-ahx.xvg).

· ค่าเบี่ยงเบน RMS จากเกลียวในอุดมคติ คำนวณสำหรับอะตอมคาลฟาเท่านั้น (ไฟล์
rms-ahx.xvg).

· ค่าเฉลี่ยคาลฟา - มุมไดฮีดรัลคาลฟา (ไฟล์ phi-ahx.xvg).

· มุม phi และ psi เฉลี่ย (file phipsi.xvg).

· วงรีที่ 222 nm ตาม Hirst และ Brooks

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ไฟล์อินพุตเรียกใช้ xdr แบบพกพา

-n [<.ndx>] (index.ndx)
ไฟล์ดัชนี

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
ไฟล์โครงสร้าง: เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK ENT โดยเฉพาะ

ตัวเลือกอื่น:

-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt = ครั้งแรก (ps)

-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์

-r0 (1)
หมายเลขตกค้างแรกในลำดับ

-[ไม่]q (ไม่มี)
ตรวจสอบทุกขั้นตอนว่าส่วนใดของลำดับเป็นเกลียว

-[ไม่]F (ใช่)
สลับให้พอดีกับเกลียวที่สมบูรณ์แบบ

-[ไม่]db (ไม่มี)
ข้อมูลพิมพ์การแก้ปัญหา

-[ไม่]ev (ไม่มี)
เขียนไฟล์ 'trajectory' ใหม่สำหรับ ED

-ahxstart (0)
สารตกค้างแรกในเกลียว

-ahxend (0)
สารตกค้างสุดท้ายในเกลียว

ใช้ gmx-helix ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net