hhsearch - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

hhsearch - ค้นหาฐานข้อมูลของ HMM ด้วยการจัดตำแหน่งแบบสอบถามหรือแบบสอบถามHMM

เรื่องย่อ

ค้นหา -i การสอบถาม -d ฐานข้อมูล [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

HHsearch เวอร์ชัน 2.0.16 (มกราคม 2013) ค้นหาฐานข้อมูลของ HMM ด้วยการจัดตำแหน่งแบบสอบถามหรือ
แบบสอบถาม HMM (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser Soding,
J. การตรวจจับความคล้ายคลึงของโปรตีนโดยการเปรียบเทียบ HMM-HMM ชีวสารสนเทศศาสตร์ 21:951-960 (2005).

-i
การจัดตำแหน่งอินพุต/การสืบค้นหลายลำดับ (a2m, a3m, FASTA) หรือ HMM

-d
ฐานข้อมูล HMM ของ HMM ที่ต่อกันในรูปแบบ hhm, HMMER หรือ a3m หรือ ถ้าไฟล์มี
extension pal รายชื่อไฟล์ HMM หนึ่งชื่อต่อบรรทัด หลาย dbs, HMM หรือ pal
ไฟล์ที่มี -d ' ...'

อาจเป็น 'stdin' หรือ 'stdout' ตลอด

เอาท์พุต ตัวเลือก:
-o
เขียนผลลัพธ์ในรูปแบบมาตรฐานไปยังไฟล์ (default= )

-โอฟาส
เขียนการจัดตำแหน่งคู่ของการแข่งขันที่สำคัญในรูปแบบ FASTA คล้ายคลึงกันสำหรับ
เอาต์พุตในรูปแบบ a3m, a2m และ psi (เช่น -Oa3m)

-o3m
เขียน MSA ของการแข่งขันที่สำคัญในรูปแบบ a3m คล้ายคลึงกันสำหรับเอาต์พุตใน a2m, psi,
และรูปแบบ hhm (เช่น -โอห์ม)

-e [0,1]
ค่าตัด E-value สำหรับการรวมหลายตำแหน่ง (def=0.001)

-seq
สูงสุด จำนวนลำดับการสืบค้น/เทมเพลตที่แสดง (def=1) ระวังโอเวอร์โฟลว์! ทั้งหมด
ลำดับเหล่านี้ถูกเก็บไว้ในหน่วยความจำ

-ข้อเสีย แสดงลำดับฉันทามติเป็นลำดับหลักของข้อความค้นหา MSA

-โนคอน
ไม่แสดงลำดับฉันทามติในการจัดตำแหน่ง (default=show)

-ไม่มี
ไม่แสดงโครงสร้างที่คาดการณ์ 2ndary ในการจัดตำแหน่ง (default=show)

-พยักหน้า
ไม่แสดงโครงสร้าง DSSP 2ndary ในการจัดตำแหน่ง (default=show)

-ssconf
แสดงความมั่นใจสำหรับโครงสร้าง 2ndary ที่คาดการณ์ไว้ในแนวเดียวกัน

-p
ความน่าจะเป็นขั้นต่ำในรายการสรุปและการจัดตำแหน่ง (def=20)

-E
ค่า E สูงสุดในรายการสรุปและการจัดตำแหน่ง (def=1E+06)

-Z
จำนวนบรรทัดสูงสุดในรายการ Hit สรุป (def=500)

-z
จำนวนบรรทัดขั้นต่ำในรายการ Hit สรุป (def=10)

-B
จำนวนการจัดตำแหน่งสูงสุดในรายการการจัดตำแหน่ง (def=500)

-b
จำนวนการจัดตำแหน่งขั้นต่ำในรายการการจัดตำแหน่ง (def=10)

-อลิว [40,..[
จำนวนคอลัมน์ต่อบรรทัดในรายการการจัดตำแหน่ง (def=80)

-dbstrlen
ความยาวสูงสุดของสตริงฐานข้อมูลที่จะพิมพ์ในไฟล์ hhr

กรองแบบสอบถามการจัดตำแหน่งหลายลำดับ

-NS [0,100] เอกลักษณ์ของลำดับคู่สูงสุด (%) (def=90)

-ความแตกต่าง [0,อินเอฟ[
กรอง MSA โดยเลือกชุดลำดับที่หลากหลายที่สุด โดยคงไว้อย่างน้อยจำนวนนี้
seqs ในแต่ละบล็อก MSA ที่มีความยาว 50 (def=100)

-โคว [0,100] ความครอบคลุมขั้นต่ำพร้อมข้อความค้นหา (%) (def=0)

-qid [0,100] เอกลักษณ์ของลำดับขั้นต่ำพร้อมข้อความค้นหา (%) (def=0)

-qsc [0,100] คะแนนขั้นต่ำต่อคอลัมน์พร้อมแบบสอบถาม (def=-20.0)

-เนฟฟ์ [1,อินฟ]
เป้าหมายความหลากหลายของการจัดตำแหน่ง (ค่าเริ่มต้น=ปิด)

อินพุต การวางแนว รูปแบบ:
-M a2m ใช้ A2M/A3M (ค่าเริ่มต้น): ตัวพิมพ์ใหญ่ = ตรงกัน; ตัวพิมพ์เล็ก = แทรก; '-' = ลบ; '.' =
ช่องว่างที่ชิดกับเม็ดมีด (อาจละเว้น)

-M เป็นครั้งแรก
ใช้ FASTA: คอลัมน์ที่มีเรซิดิวในลำดับที่ 1 เป็นสถานะการจับคู่

-M [0,100]
ใช้ FASTA: คอลัมน์ที่มีช่องว่างน้อยกว่า X% เป็นสถานะการจับคู่

-tags อย่าทำให้ลำดับการจดจำ His-, C-myc-, FLAG-tag และ trypsin เป็นกลางถึง
การกระจายพื้นหลัง

อืม-หืม การวางแนว ตัวเลือก:
-norealign
อย่าจัดแนว Hit ที่แสดงใหม่ด้วยอัลกอริธึม MAC (def=realign)

-แม็ก [0,1[
เกณฑ์ความน่าจะเป็นภายหลังสำหรับการจัดตำแหน่ง MAC ใหม่ (def=0.350) การควบคุมพารามิเตอร์
ความโลภในการจัดตำแหน่ง: 0:global >0.1:local

-กลม/-ล็อค
ใช้โหมด Global/local Alignment สำหรับการค้นหา/จัดอันดับ (def=local)

-alt
แสดงให้เห็นถึงการจัดตำแหน่งทางเลือกที่สำคัญมากมาย (def=2)

-วิต ใช้อัลกอริทึม Viterbi สำหรับการค้นหา/จัดอันดับ (ค่าเริ่มต้น)

-Mac ใช้อัลกอริธึมความแม่นยำสูงสุด (MAC) สำหรับการค้นหา/จัดอันดับ

-ซึ่งไปข้างหน้า
ใช้ความน่าจะเป็นไปข้างหน้าในการค้นหา

-ไม่รวม
ไม่รวมตำแหน่งการสืบค้นจากการจัดตำแหน่ง เช่น '1-33,97-168'

- กะ [-1,1]
สกอร์ออฟเซ็ต (def=-0.03)

- คอร์ [0,1]
น้ำหนักของเทอมสำหรับความสัมพันธ์คู่ (def=0.10)

-sc คะแนนกรดอะมิโน (tja: แม่แบบ HMM ที่คอลัมน์ j) (def=1)

0 = log2 ผลรวม (tja*qia/pa) (pa: aa ความถี่พื้นหลัง)

1 = log2 ผลรวม(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta) )

2 = log2 ผลรวม (tja*qia/ta) (ta: ความถี่ aa ในเทมเพลต)

3 = log2 ผลรวม (tja*qia/qa) (qa: ความถี่ aa ในการสืบค้น)

5 การแก้ไของค์ประกอบกรดอะมิโนเฉพาะที่

-เอสเอสเอ็ม {0,...,4}
0: ไม่มี ss คะแนน 1,2: ss ให้คะแนนหลังหรือระหว่างการจัดตำแหน่ง [default=2] 3,4: ss
การให้คะแนนหลังหรือระหว่างการจัดตำแหน่ง คาดการณ์กับคาดการณ์

-สสว [0,1] น้ำหนักของคะแนน ss เทียบกับคะแนนคอลัมน์ (def=0.11)

-สส [0,1] เมทริกซ์การแทนที่ SS = (1-ssa)*I + ssa*full-SS-substition-matrix
[def=1.00)

ช่องว่าง ราคา ตัวเลือก:
-ช่องว่าง [0,อินเอฟ[
ส่วนผสมของการเปลี่ยนจำนวนเทียมปลอม (def=1.00)

-ช่องว่าง [0,อินเอฟ[
ทรานสิชั่น pseudocount admixture สำหรับ open gap (default=0.15)

-อ้าปากค้าง [0,1.5]
ส่วนผสมผสมจำนวนเทียมการเปลี่ยนสำหรับการขยายช่องว่าง (def=1.00)

-ช่องว่าง ]0,อินฟ]
ปัจจัยในการเพิ่ม/ลดช่องว่างเปิดโทษสำหรับการลบ (def=0.60)

-ช่องว่าง ]0,อินฟ]
ปัจจัยในการเพิ่ม/ลดโทษการเปิดช่องว่างของเม็ดมีด (def=0.60)

-แกฟ ]0,อินฟ]
ปัจจัยในการเพิ่ม/ลดช่องว่างการขยายการลงโทษสำหรับการลบ(def=0.60)

-กาปิ ]0,อินฟ]
ปัจจัยในการเพิ่ม/ลดช่องว่างการขยายการลงโทษสำหรับเม็ดมีด(def=0.60)

-เช่น [0,inf[ ค่าปรับ (บิต) สำหรับช่องว่างท้ายที่จัดแนวกับแบบสอบถามที่เหลือ (def=0.00)

- เช่น [0,inf[ ค่าปรับ (บิต) สำหรับช่องว่างท้ายที่จัดแนวกับส่วนที่เหลือของเทมเพลต (def=0.00)

หลอก (PC) ตัวเลือก:
-pcm {0,...,3}
การพึ่งพาตำแหน่งของ pc admixture 'tau' (โหมด pc ค่าเริ่มต้น = 2) 0: ไม่มีการนับหลอก:
เอกภาพ = 0 1: ค่าคงที่ เอกภาพ = a 2: ขึ้นอยู่กับความหลากหลาย: เอกภาพ = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: จำนวนลำดับที่มีประสิทธิภาพใน MSA ในพื้นที่รอบคอลัมน์ i)
3: จำนวนเทียมซ้ำซ้อน

-พีซีเอ [0,1] ส่วนผสมนับเทียมโดยรวม (def=1.0)

-พีซีบี [1,inf[ ค่าเกณฑ์ Neff สำหรับ -pcm 2 (def=1.5)

-พีซีซี [0,3] เลขชี้กำลังการสูญพันธุ์ c สำหรับ -pcm 2 (def=1.0)

เฉพาะบริบท หลอกนับ:
-nocontxt
ใช้ substitution-matrix แทน pseudocounts เฉพาะบริบท

-บริบท ไฟล์บริบทสำหรับการคำนวณ pseudocounts เฉพาะบริบท
(ค่าเริ่มต้น=./data/context_data.lib)

-cslib
ไฟล์สถานะคอลัมน์สำหรับการกรองฐานข้อมูลล่วงหน้าอย่างรวดเร็ว (default=./data/cs219.lib)

-csw [0,inf] น้ำหนักของตำแหน่งตรงกลางในโหมด cs pseudocount (def=1.6)

-csb [0,1] พารามิเตอร์การลดน้ำหนักสำหรับตำแหน่งในโหมด cs pc (def=0.9)

อื่นๆ ตัวเลือก:
- ซีพียู
จำนวน CPU ที่จะใช้ (สำหรับ SMP หน่วยความจำที่ใช้ร่วมกัน) (ค่าเริ่มต้น=1)

-v
โหมด verbose: 0:ไม่มีเอาต์พุตหน้าจอ 1:เพียง warings 2: verbose

-แม็กซ์
จำนวนคอลัมน์ HMM สูงสุด (def=15002)

-maxmem [1,inf[ หน่วยความจำสูงสุดที่มีในหน่วย GB (def=3.0)

-คะแนน เขียนคะแนนสำหรับการเปรียบเทียบแบบคู่ทั้งหมดกับไฟล์

-เงียบสงบ {0,..,3} การสอบเทียบคะแนนเชิงประจักษ์ 0:query 1:template 2:both

ค่าเริ่มต้น 3: การประมาณค่าตามเครือข่ายประสาทเทียมของ EVD params

ตัวอย่าง: hhsearch -i ก.1.1.1.ก3ม -d scop70_1.71.hm

ใช้ hhsearch ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net