นี่คือคำสั่ง HPCmapper ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
HPCmapper - สร้างสคริปต์เพื่อจับคู่การอ่าน
เรื่องย่อ
โปรแกรมทำแผนที่ HPC [-vb] [-kint(20)] [-wint(6)] [-hint(50)] [-tint] [-Mint]
[-eสองเท่า(.85)][-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-mลู่--ดาลint(4)] [-องศาint(25)]
ref:db|เขื่อน อ่าน:db|dam [ครั้งแรก:int[-ล่าสุด:int]]
DESCRIPTION
โปรแกรมทำแผนที่ HPC เขียนเชลล์สคริปต์ UNIX ไปยังเอาต์พุตมาตรฐานที่ประกอบด้วยลำดับของ
คำสั่งที่ "แมป" อย่างมีประสิทธิภาพทุกครั้งที่อ่านในDB อ่าน กับชุดอ้างอิงของ
ลำดับในDB อ้าง, บันทึกการจัดตำแหน่งโลคัลทั้งหมดที่พบในลำดับของไฟล์
ref.reads.1.las, ref.reads.2.lasและอื่นๆ โดยที่ ref.reads.k.las มีการจัดตำแหน่ง
ระหว่าง .ทั้งหมด อ้าง และบล็อกที่ k ของ อ่าน. พารามิเตอร์เหมือนกันทุกประการกับ
for HPCdaligner(1) เว้นแต่ -k, -hและ -e ค่าเริ่มต้นถูกตั้งค่าอย่างเหมาะสมสำหรับ
การทำแผนที่และ -A และ -I ตัวเลือกไม่สมเหตุสมผลเช่น อ้าง และ อ่าน คาดว่าจะเป็น
ชุดข้อมูลที่แตกต่าง
ถ้าจำนวนเต็ม เป็นครั้งแรก และ ล่าสุด หายไปแล้วสคริปต์ที่สร้างขึ้นนั้นมีไว้สำหรับทุกบล็อกใน
ฐานข้อมูล อ่าน. ถ้า เป็นครั้งแรก มีอยู่ในขณะนั้น โปรแกรมทำแผนที่ HPC สร้างสคริปต์ที่เปรียบเทียบ
บล็อก เป็นครั้งแรก ตลอด ล่าสุด (ล่าสุด = เป็นครั้งแรก ถ้าไม่มี) กับ DAM อ้าง.
ใช้ HPCmapper ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net