นี่คือคำสั่ง loadPulses ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
loadPulses - โหลดข้อมูลพัลส์ลำดับโหลด
เรื่องย่อ
โหลดพัลส์ basFileName cmpชื่อไฟล์ [ตัวเลือก]
DESCRIPTION
โหลดพัลส์ โหลดข้อมูลลำดับพัลส์ เช่น ระยะห่างระหว่างพัลส์หรือคุณภาพ
ข้อมูลลงในไฟล์ cmp.h5 ซึ่งช่วยให้วิเคราะห์จลนศาสตร์และคุณภาพได้
ข้อมูลตามคอลัมน์การจัดตำแหน่ง
OPTIONS
basFileName
อินพุต {bas,pls}.h5 หรือ input.fofn
cmpชื่อไฟล์
ไฟล์ cmp.h5 เพื่อโหลดข้อมูลพัลส์เข้าไป
-เมตริก ความคุ้มค่า
รายการเมทริกคั่นด้วยจุลภาค (ไม่มีช่องว่าง)
ตัวเลือกที่ถูกต้องคือ:
เมื่อเริ่มต้น, QualityValue, InsertionQV, MergeQV, DeletionQV, DeletionTag,
แท็กทดแทน, SubstitutionQV, PreBaseFrames, IPD, StartFrame, PulseWidth,
ความกว้างในเฟรม, แสง, pkmid, ลักษณนามQV, PulseIndex
ตัวเลือกเริ่มต้นคือ:
QualityValue, ClassifierQV, StartFrame, PulseWidth, WideInFrames, pkmid,
IPD
-failOnMissingData
ออกหากมีช่องข้อมูลขาดหายไปจากอินพุต bas.h5 หรือ pls.h5 ที่เป็น
จำเป็นต้องโหลดเมตริก ค่าเริ่มต้นคือการเตือน
-โดยอ่าน
โหลดข้อมูลพัลส์โดยการอ่านแทนการบัฟเฟอร์เมทริก
-บายเมตริก
โหลดข้อมูลพัลส์ตามเมตริกแทนที่จะอ่าน ใช้หน่วยความจำมากกว่า
-โดยอ่านแต่สามารถทำได้เร็วกว่า
-maxElements ความคุ้มค่า
กำหนดขีดจำกัดขนาดของไฟล์ pls/bas เพื่อบัฟเฟอร์ด้วย -บายเมตริก (ค่าเริ่มต้น:
int สูงสุด) ใช้ -โดยอ่าน หากเกินขีดจำกัด
-เมมโมรีสูงสุด ความคุ้มค่า
ตั้งค่าขีดจำกัด (เป็น GB) ในหน่วยความจำเพื่อบัฟเฟอร์ข้อมูลด้วย -บายเมตริก (ค่าเริ่มต้น: 4
จีบี). ใช้ -โดยอ่าน หากเกินขีดจำกัด
-metaNElements ความคุ้มค่า
ตั้งค่าจำนวนองค์ประกอบในแคชข้อมูลเมตาสำหรับการอ่านไฟล์ bas/bax/pls.h5
-ดิบองค์ประกอบความคุ้มค่า
ตั้งค่าจำนวนองค์ประกอบในแคชข้อมูลดิบสำหรับการอ่านไฟล์ bas/bax/pls.h5
-rawChunkSize ความคุ้มค่า
ตั้งค่าขนาดก้อนของแคชข้อมูลดิบสำหรับการอ่านไฟล์ bas/bax/pls.h5
ใช้ loadPulses ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net