นี่คือคำสั่ง macs2_bdgpeakcall ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
macs2_bdgpeakcall - การวิเคราะห์ตามแบบจำลองสำหรับการจัดลำดับ ChIP
DESCRIPTION
การใช้งาน: macs2 bdgpeakcall [-h] -i ไฟล์ [-c ตัด] [-l MINLEN] [-g MAXGAP]
[--การวิเคราะห์จุดตัด] [--ไม่มีแทร็กไลน์]
[--outdir ภายนอก] (-o โอไฟล์ | --o-คำนำหน้า โอพรีฟิกซ์)
ไม่จำเป็น ข้อโต้แย้ง:
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก
-i ไอเฟล --ifile ฟีเล
คะแนน MACS ใน bedGraph ที่จำเป็น
-c คัทออฟ, --ทางลัด คัทออฟ
การตัดยอดขึ้นอยู่กับวิธีที่คุณใช้ในการติดตามคะแนน หากไฟล์มี
คะแนน pvalue จาก MACS2 คะแนน 5 หมายถึง pvalue 1e-5 ค่าเริ่มต้น: 5
-l มินเลน --นาที-ความยาว มินเลน
ความยาวต่ำสุดของยอด ดีกว่าที่จะตั้งเป็นค่า d ค่าเริ่มต้น: 200
-g แม็กซ์แกป --max-ช่องว่าง แม็กซ์แก๊ป
ช่องว่างสูงสุดระหว่างจุดสำคัญในจุดสูงสุด ดีกว่าที่จะตั้งเป็นขนาดแท็ก
ค่าเริ่มต้น: 30
--ตัด-วิเคราะห์
ในขณะที่ตั้งค่า bdgpeakcall จะวิเคราะห์จำนวนหรือความยาวรวมของยอดที่สามารถ
เรียกโดยจุดตัดที่ต่างกัน แล้วส่งออกตารางสรุปเพื่อช่วยให้ผู้ใช้ตัดสินใจได้ดีขึ้น
ทางลัด หมายเหตุ minlen และ maxgap อาจส่งผลต่อผลลัพธ์ ค่าเริ่มต้น: เท็จ
--no-ติดตาม
บอก MACS ไม่ให้รวม trackline กับไฟล์ bedGraph แทร็กไลน์เป็นสิ่งจำเป็น
โดย มช.
--นอก ภายนอก
หากระบุไฟล์เอาต์พุตทั้งหมดจะถูกเขียนไปยังไดเร็กทอรีนั้น ค่าเริ่มต้น: the
ไดเรกทอรีการทำงานปัจจุบัน
-o โอไฟล์ --ofile โอไฟล์
ชื่อไฟล์เอาต์พุต เฉพาะร่วมกันกับ --o-คำนำหน้า.
--o-คำนำหน้า ออพรีฟิกซ์
คำนำหน้าไฟล์เอาต์พุต เฉพาะร่วมกันกับ -o//-ofile.
ใช้ macs2_bdgpeakcall ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net