นี่คือคำสั่ง mappedCoverage ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
sim4dbutils - ยูทิลิตี้สำหรับทำงานกับไฟล์การจัดตำแหน่งที่สร้างโดย sim4db
ConvertPolishes - แปลงระหว่างรูปแบบ sim4db และ GFF3
filterPolishes - การจัดตำแหน่งตัวกรองตามเอกลักษณ์ของลำดับ ความครอบคลุม และความยาว
mergePolishes - รวมการจัดตำแหน่งจากหลายไฟล์
sortPolishes - การจัดเรียงการจัดตำแหน่งตาม cDNA หรือดัชนีลำดับจีโนมหรือชื่อลำดับ
ConvertToExtent - แปลงจากรูปแบบ sim4db เป็นรูปแบบที่คั่นด้วยแท็บบรรทัดเดียว
fixPolishesIID - อัปเดตไฟล์ sim4db เพื่อใช้ดัชนีลำดับของไฟล์ fasta ที่ระบุ
สามารถใช้เพื่อแยกชุดย่อยของการจัดตำแหน่งออกจากไฟล์ sim4db
DepthOfPolishes - แสดงผลฮิสโตแกรมที่คั่นด้วยแท็บของความลึกของการขัดที่ต่างๆ
ขนาดหน้าต่าง.
headPolishes - พิมพ์การจัดตำแหน่ง N แรกในไฟล์คล้ายกับ หัว(1)
pickBestPolish - รายงานเฉพาะการจัดตำแหน่ง 'ดีที่สุด' สำหรับแต่ละ cDNA
pickUniquePolish - รายงานการจัดตำแหน่งที่มีการจัดตำแหน่งเดียวที่ดีที่สุดที่ชัดเจนสำหรับ
แต่ละ cDNA
plotCoverageVsIdentity - สร้าง (1) ฮิสโตแกรมของเอกลักษณ์เปอร์เซ็นต์ (2) a
ฮิสโตแกรมของความครอบคลุมเป็นเปอร์เซ็นต์ และ (3) รายการเอกลักษณ์และความครอบคลุมเป็นเปอร์เซ็นต์ (สำหรับ
ใช้ในแปลงกระจาย)
uniqPolishes - กรองการจัดตำแหน่งทั้งหมดสำหรับ cDNA ด้วยการจัดตำแหน่งหลายตำแหน่ง (-uniq) หรือ
ด้วยการจัดตำแหน่งเดียว (-dupl) คล้ายกับ มีเอกลักษณ์(1)
realignPolishes - คำนวณการจัดตำแหน่งใหม่ในไฟล์ sim4db
reportAlignmentDifferences - สร้างฮิสโตแกรมของประเภทของข้อผิดพลาดในชุดของ
การจัดตำแหน่ง ได้รับการสนับสนุน และ เลิก
ComparePolishes - เชื่อมโยงการจัดตำแหน่งในสองไฟล์
ConvertToAtac - แปลงจากรูปแบบ sim4db เป็นรูปแบบ ATAC
detectChimera - ตรวจสอบการจัดตำแหน่งสำหรับลำดับที่อาจเป็นความเพ้อฝัน
mappedCoverage - รายงานจำนวนลำดับการสืบค้น (EST, cDNA) ที่ครอบคลุมโดย
การจัดตำแหน่ง
parseSNP - วิเคราะห์การจัดตำแหน่งสำหรับ SNP
removeDuplicate - ค้นหาอินพุตสำหรับการจัดตำแหน่งที่ซ้ำกัน
vennPolishes - สร้างไดอะแกรม Venn สำหรับไฟล์ sim4db หลายไฟล์ เคย ภายใน by
ESTMapper ทำความสะอาดโปแลนด์
สรุปโปแลนด์
DESCRIPTION
โปรแกรมเหล่านี้เป็นโปรแกรมอรรถประโยชน์ที่หลากหลายในการทำงานด้วย ซิม4db(1)-สร้างไฟล์การจัดตำแหน่ง
ใช้ mappedCoverage ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net