นี่คือคำสั่ง maskseqe ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
maskseq - เขียนลำดับด้วยขอบเขตที่ปิดบัง
เรื่องย่อ
หน้ากาก -ลำดับ ลำดับ -ภูมิภาค พิสัย [- ตัวล่าง ข้อศอก] -มาสก์ชาร์ เชือก
-outseq ผลสืบเนื่อง
หน้ากาก -ช่วยด้วย
DESCRIPTION
หน้ากาก เป็นโปรแกรมบรรทัดคำสั่งจาก EMBOSS (“ the European Molecular Biology Open
ชุดซอฟต์แวร์”) เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มคำสั่ง "แก้ไข"
OPTIONS
อินพุต ส่วน
-ลำดับ ลำดับ
ต้อง ส่วน
-ภูมิภาค พิสัย
ภูมิภาคที่จะปิดบัง ชุดของภูมิภาคถูกกำหนดโดยชุดของตำแหน่งคู่ NS
ตำแหน่งเป็นจำนวนเต็ม คั่นด้วยอักขระที่ไม่ใช่ตัวเลขและไม่ใช่อัลฟา
ตัวอย่างของข้อกำหนดเฉพาะของภูมิภาค ได้แก่ 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888
1,5,8,10,23,45,57,99
เพิ่มเติม ส่วน
- ตัวล่าง ข้อศอก
ภูมิภาคสามารถ 'ปิดบัง' โดยการแปลงอักขระลำดับเป็นตัวพิมพ์เล็กบางส่วน
โปรแกรมที่ไม่ใช่ EMBOSS เช่น fasta สามารถตีความสิ่งนี้ว่าเป็นพื้นที่ปิดบัง ลำดับคือ
ไม่เปลี่ยนแปลงยกเว้นกรณีเปลี่ยน คุณอาจต้องการให้แน่ใจว่าลำดับทั้งหมด
เป็นตัวพิมพ์ใหญ่ก่อนที่จะปิดบังภูมิภาคที่ระบุเป็นตัวพิมพ์เล็กโดยใช้
ธง '-อาหารค่ำ' ค่าเริ่มต้น: N
-มาสก์ชาร์ เชือก
ตัวละครที่จะใช้ในการปิดบัง ค่าเริ่มต้นคือ 'X' สำหรับลำดับโปรตีน 'N' สำหรับนิวคลีอิก
ลำดับ หากตั้งค่าอักขระตัวพรางเป็นอักขระ SPACE หรืออักขระ null
จากนั้นลำดับจะถูก 'ปิดบัง' โดยเปลี่ยนเป็นตัวพิมพ์เล็ก เช่นเดียวกับ with
ธง '-ตัวพิมพ์เล็ก' ค่าเริ่มต้น: @($(acdprotein)?X:N)
เอาท์พุต ส่วน
-outseq ผลสืบเนื่อง
ใช้ maskseqe ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net