นี่คือคำสั่ง mauveAligner ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
mauveAligner - สร้างการจัดตำแหน่งจีโนมหลายอันได้อย่างมีประสิทธิภาพ
เรื่องย่อ
สีม่วงAligner [ตัวเลือก] ...
ชื่อไฟล์>
DESCRIPTION
มีการใช้อัลกอริธึมการจัดตำแหน่ง mauveAligner และ ProgressiveMauve เป็น
โปรแกรมบรรทัดคำสั่งที่มาพร้อมกับซอฟต์แวร์ Mauve ที่ดาวน์โหลดได้ เมื่อวิ่งออกจาก
บรรทัดคำสั่ง โปรแกรมเหล่านี้มีตัวเลือกที่ยังไม่มีในอินเทอร์เฟซแบบกราฟิก
OPTIONS
--เอาท์พุท=ชื่อไฟล์เอาต์พุต
พิมพ์ไปที่หน้าจอโดยค่าเริ่มต้น
--คุณแม่ ค้นหา MUM เท่านั้น อย่าพยายามกำหนดบล็อกคอลลิเนียร์ในเครื่อง (LCB)
--ไม่มีการเรียกซ้ำ อย่าทำการระบุจุดยึดแบบเรียกซ้ำ (หมายถึง
--no-gapped-การจัดตำแหน่ง)
--no-lcb-นามสกุล หากกำหนด LCB อย่าพยายามขยาย LCB
--ขนาดเมล็ด=ขนาดการจับคู่เมล็ดพันธุ์เริ่มต้น ค่าเริ่มต้นคือ log_2( ความยาวลำดับเฉลี่ย )
--max-extension-วนซ้ำ=จำกัดการขยาย LCB เป็นจำนวนครั้งของความพยายามนี้
ค่าเริ่มต้นคือ4
--กำจัด-รวม กำจัดการรวมที่เชื่อมโยงในการแข่งขันชุดย่อย
--น้ำหนัก=น้ำหนัก LCB ขั้นต่ำในคู่ฐานต่อลำดับ
--match-input=ใช้ไฟล์การแข่งขันที่ระบุแทนการค้นหารายการที่ตรงกัน
--lcb-จับคู่อินพุต ระบุว่าไฟล์อินพุตที่ตรงกันมีรายการที่ตรงกันที่ได้รับ
จัดกลุ่มเป็น LCBs
--lcb-อินพุต=ใช้ไฟล์ lcb ที่ระบุแทนการสร้าง LCB (ข้าม LCB
รุ่น)
--scratch-เส้นทาง=สำหรับจีโนมขนาดใหญ่ ให้ใช้ไดเร็กทอรีสำหรับจัดเก็บข้อมูลชั่วคราว
ควรให้สองครั้งหรือมากกว่ากับเส้นทางที่แตกต่างกัน
--id-เมทริกซ์=สร้างสถิติ LCB และเขียนลงในไฟล์ที่ระบุ
--ขนาดเกาะ=หาเกาะที่ใหญ่กว่าจำนวนที่กำหนด
--island-เอาท์พุท=เอาต์พุตเกาะไฟล์ที่กำหนด (requires --ขนาดเกาะ)
--backbone-ขนาด=ค้นหากระดูกสันหลังที่ยาวกว่าจำนวน bp . ที่กำหนด
--max-backbone-gap=ปล่อยให้กระดูกสันหลังถูกขัดจังหวะด้วยช่องว่างถึงความยาวนี้ใน
bp
--backbone-เอาท์พุท=เอาต์พุตเกาะไฟล์ที่กำหนด (requires --ขนาดเกาะ)
--coverage-เอาท์พุท=ส่งออกรายการครอบคลุมไปยังไฟล์ที่ระบุ (- สำหรับ stdout)
--ซ้ำ สร้างแผนที่ซ้ำ สามารถระบุได้เพียงลำดับเดียวเท่านั้น
--output-guide-tree=เขียนแผนผังแนะนำไปยังไฟล์ที่กำหนด
--คอลลิเนียร์ สมมติว่าลำดับอินพุตเป็นแบบ collinear -- ไม่มีการจัดเรียงใหม่
ช่องว่าง การวางแนว การควบคุม:
--no-gapped-การจัดตำแหน่ง อย่าทำการจัดตำแหน่งช่องว่าง
--max-gapped-aligner-length=จำนวนคู่เบสสูงสุดที่จะพยายามปรับให้เข้ากับ
ตัวจัดฟันแบบช่องว่าง
--min-recursive-gap-length=ขนาดขั้นต่ำของช่องว่างที่ Mauve จะทำแบบเรียกซ้ำ
ยึด MUM (ค่าเริ่มต้นคือ 200)
ลงนาม การเปลี่ยนแปลง เมทริกซ์ ตัวเลือก:
--การเปลี่ยนแปลง-เมทริกซ์-เอาท์พุต=เขียน LCB เป็นเมทริกซ์การเรียงสับเปลี่ยนที่มีเครื่องหมายถึง
ไฟล์ที่ให้มา
--การเปลี่ยนแปลง-เมทริกซ์-นาที-น้ำหนัก=เมทริกซ์การเรียงสับเปลี่ยนจะถูกเขียนสำหรับทุกๆ
ชุด LCB ที่มีน้ำหนักระหว่างค่านี้กับค่าของ --น้ำหนัก
การวางแนว เอาท์พุต ตัวเลือก:
--การจัดตำแหน่งเอาท์พุท-dir=ส่งออกชุดของไฟล์การจัดตำแหน่ง (หนึ่งไฟล์ต่อ LCB) ไปยัง a
ไดเร็กทอรีที่กำหนด
--alignment-output-format=เลือกรูปแบบเอาต์พุตสำหรับ --การจัดตำแหน่งเอาท์พุท-dir
--output-การจัดตำแหน่ง=เขียนการจัดรูปแบบ XMFA ไปยังไฟล์ที่กำหนด
รูปแบบเอาต์พุตการจัดตำแหน่งที่รองรับ ได้แก่ phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon
ใช้ mauveAligner ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net