นี่คือคำสั่ง obprobe ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
คัดค้าน — สร้างกริดโพรบไฟฟ้าสถิต
เรื่องย่อ
คัดค้าน [OPTIONS] ชนิด ปชช ชื่อไฟล์
DESCRIPTION
เครื่องมือ obprobe สร้างกริดรอบโมเลกุล โดยวางอะตอมของโพรบด้วยค่าที่ระบุ
อะตอมและประจุบางส่วนในแต่ละจุดเพื่อคำนวณพลังงาน MMFF94 ใช้ได้เลย
สำหรับการทดลองเทียบท่าเพื่อทดสอบสัมพรรคภาพพันธะไฮโดรเจน ศักย์ไฟฟ้าสถิต ฯลฯ
เอาต์พุตจะถูกส่งไปยังเอาต์พุตมาตรฐานโดยใช้รูปแบบ Gaussian Cube
OPTIONS
หากไม่ได้ระบุชื่อไฟล์ไว้ obprobe จะให้ตัวเลือกทั้งหมดรวมถึงโพรบตัวอย่าง
-s ขนาดก้าว
ตั้งค่าความละเอียดของกริด (ขนาดขั้น)
-p การขยายความ
ตั้งค่าช่องว่างภายใน - ระยะห่างเพิ่มเติมในแต่ละด้านของกล่องที่เกิดจากโมเลกุล
ชนิด MMFF94 ประเภทอะตอม
ปชช MMFF94 ค่าใช้จ่ายบางส่วน
ตัวอย่าง
โพรบไฟล์ pyridines.sdf โดยใช้ออกซิเจนคาร์บอนิล -- ตัวรับพันธะไฮโดรเจนด้วย
ค่าใช้จ่ายบางส่วน -0.57:
คัดค้าน 7 -0.57 pyridines.sdf
โพรบไฟล์ pyridines.sdf โดยใช้อะตอมฟีนิลคาร์บอน -- อะตอมที่ไม่ชอบน้ำที่ไม่มี
ค่าใช้จ่ายบางส่วน:
obprobe 37 0.0 pyridines.sdf
ใช้ obprobe ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net