proalign - ออนไลน์ในคลาวด์

นี่คือคำสั่ง proalign ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS

โครงการ:

ชื่อ


proalign - โปรแกรมการจัดตำแหน่งหลายตำแหน่งที่น่าจะเป็น

เรื่องย่อ


แนวหน้า [ตัวเลือก]

DESCRIPTION


การใช้งานโปรแกรมที่จำกัดเท่านั้นที่สามารถทำได้จากบรรทัดคำสั่ง ควรใช้เวอร์ชันกับ
GUI (เริ่มโดยไม่มีตัวเลือก)

OPTIONS


-โนกุย บังคับบรรทัดคำสั่ง

-seqfile= ไฟล์>

-treefile= ไฟล์>

-ต้นไม้ใหม่
คำนวณแผนผังแนวใหม่

-ตัวอย่าง
เส้นทางการติดตามตัวอย่าง; ถ้าไม่ได้รับ Viterbi จะถูกเลือก

-เดลต้า= เดลต้า> or -เดลต้า=ประมาณการ
หากไม่ได้กำหนดไว้ ค่าเริ่มต้นจะถูกใช้

-เอปซิลอน= เอปไซลอน> or -epsilon=ประมาณการ
หากไม่ได้กำหนดไว้ ค่าเริ่มต้นจะถูกใช้

-gapfreq= ความถี่>
หากไม่ได้กำหนดไว้ ค่าเริ่มต้นจะถูกใช้

-gapprob= การแทน ความน่าจะเป็น>
หากไม่ได้กำหนดไว้ ค่าเริ่มต้นจะถูกใช้

-bwidth= วงดนตรี ความกว้าง>
หากไม่ได้กำหนดไว้ ค่าเริ่มต้นจะถูกใช้

-distscale= ขนาด ปัจจัย>
สำหรับความยาวของกิ่ง

-ไม่มีการแก้ไข
ไม่มีการแก้ไขสำหรับระยะทางเป็นคู่ในการคำนวณทรีไกด์

- ราวบันได
ไม่มีการแก้ไขลำดับต่อท้าย

-ต่อท้าย= ลำดับ การแก้ไข ความยาว>
สำหรับการสิ้นสุดที่ขาดหายไป

-penalize=จริง or =เท็จ
ลงโทษช่องว่างด้านท้ายบนการจัดแนวคู่สำหรับต้นไม้นำทาง

-writemean
เขียนความน่าจะเป็นหลังของไซต์

-เขียนทั้งหมด
เขียนความน่าจะเป็นหลังของแต่ละโหนด

-writeroot
เขียนความน่าจะเป็นของอักขระรูทโหนด

- แวก ใช้ตารางความน่าจะเป็น WAG

-เดย์ฮอฟฟ์
ใช้ตารางความน่าจะเป็นของ Dayhoff

-จต ใช้ตารางความน่าจะเป็น JTT

-outfile= ไฟล์>

-รูปแบบ=pir, - รูปแบบ = msf, -outformat=ฟิลลิป, or -outformat = Nexus
รูปแบบผลลัพธ์

-เงียบ ไม่มีบันทึก

ใช้ proalign ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net



โปรแกรมออนไลน์ Linux และ Windows ล่าสุด