นี่คือคำสั่ง proalign ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
proalign - โปรแกรมการจัดตำแหน่งหลายตำแหน่งที่น่าจะเป็น
เรื่องย่อ
แนวหน้า [ตัวเลือก]
DESCRIPTION
การใช้งานโปรแกรมที่จำกัดเท่านั้นที่สามารถทำได้จากบรรทัดคำสั่ง ควรใช้เวอร์ชันกับ
GUI (เริ่มโดยไม่มีตัวเลือก)
OPTIONS
-โนกุย บังคับบรรทัดคำสั่ง
-seqfile= ไฟล์>
-treefile= ไฟล์>
-ต้นไม้ใหม่
คำนวณแผนผังแนวใหม่
-ตัวอย่าง
เส้นทางการติดตามตัวอย่าง; ถ้าไม่ได้รับ Viterbi จะถูกเลือก
-เดลต้า= เดลต้า> or -เดลต้า=ประมาณการ
หากไม่ได้กำหนดไว้ ค่าเริ่มต้นจะถูกใช้
-เอปซิลอน= เอปไซลอน> or -epsilon=ประมาณการ
หากไม่ได้กำหนดไว้ ค่าเริ่มต้นจะถูกใช้
-gapfreq= ความถี่>
หากไม่ได้กำหนดไว้ ค่าเริ่มต้นจะถูกใช้
-gapprob= การแทน ความน่าจะเป็น>
หากไม่ได้กำหนดไว้ ค่าเริ่มต้นจะถูกใช้
-bwidth= วงดนตรี ความกว้าง>
หากไม่ได้กำหนดไว้ ค่าเริ่มต้นจะถูกใช้
-distscale= ขนาด ปัจจัย>
สำหรับความยาวของกิ่ง
-ไม่มีการแก้ไข
ไม่มีการแก้ไขสำหรับระยะทางเป็นคู่ในการคำนวณทรีไกด์
- ราวบันได
ไม่มีการแก้ไขลำดับต่อท้าย
-ต่อท้าย= ลำดับ การแก้ไข ความยาว>
สำหรับการสิ้นสุดที่ขาดหายไป
-penalize=จริง or =เท็จ
ลงโทษช่องว่างด้านท้ายบนการจัดแนวคู่สำหรับต้นไม้นำทาง
-writemean
เขียนความน่าจะเป็นหลังของไซต์
-เขียนทั้งหมด
เขียนความน่าจะเป็นหลังของแต่ละโหนด
-writeroot
เขียนความน่าจะเป็นของอักขระรูทโหนด
- แวก ใช้ตารางความน่าจะเป็น WAG
-เดย์ฮอฟฟ์
ใช้ตารางความน่าจะเป็นของ Dayhoff
-จต ใช้ตารางความน่าจะเป็น JTT
-outfile= ไฟล์>
-รูปแบบ=pir, - รูปแบบ = msf, -outformat=ฟิลลิป, or -outformat = Nexus
รูปแบบผลลัพธ์
-เงียบ ไม่มีบันทึก
ใช้ proalign ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net