นี่คือคำสั่ง snp-sites ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
snp-sites - ค้นหาไซต์ snp จากไฟล์การจัดตำแหน่ง fasta หลายไฟล์
เรื่องย่อ
snp_sites [-mvph] [-o output_filename] [ไฟล์อินพุต]
DESCRIPTION
แอปพลิเคชันนี้ใช้การจัดตำแหน่งแบบเร็วหลายแบบ ค้นหาไซต์ SNP ทั้งหมด จากนั้นให้ผลลัพธ์
ไซต์ SNP ในรูปแบบใดรูปแบบหนึ่งต่อไปนี้:
การจัดตำแหน่ง fasta หลายแบบ, VCF, รูปแบบ phylip ที่ผ่อนคลาย
OPTIONS
-m
ส่งออกไฟล์การจัดตำแหน่งอย่างรวดเร็วหลาย (ค่าเริ่มต้น)
-v
ส่งออกไฟล์ VCF
-p
ส่งออกไฟล์ phylip
-o
ระบุชื่อไฟล์เอาต์พุต
-h
เอกสารนี้
-V
แสดงเวอร์ชันและออก
ตัวอย่าง
snp-ไซต์ my-alignment.aln
ไซต์ snp my-gzipped-alignment.aln.gz
FORMAT OF DIE INPUT ไฟล์
ไฟล์อินพุตควรมีลักษณะดังนี้:
>reference_sequence
อ้ากกก
>comparison_sequence
อ๊ากกก.
>another_comparison_sequence
AACCGCTT
สำหรับตัวอย่างเพิ่มเติม โปรดไปที่:
https://github.com/sanger-pathogens/snp_sites/tree/master/tests/data
ใช้ snp-sites ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net