นี่คือคำสั่ง tcodee ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
tcode - ระบุขอบเขตการเข้ารหัสโปรตีนโดยใช้สถิติ Fickett TESTCODE
เรื่องย่อ
รหัส -ลำดับ ภาคต่อ -แฟ้มข้อมูล แฟ้มข้อมูล -หน้าต่าง จำนวนเต็ม - ขั้นตอน จำนวนเต็ม -พล็อต ข้อศอก
-outfile รายงาน -กราฟ ไซกราฟ
รหัส -ช่วยด้วย
DESCRIPTION
รหัส เป็นโปรแกรมบรรทัดคำสั่งจาก EMBOSS (“ European Molecular Biology Open Software
ห้องชุด”) เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มคำสั่ง "การค้นหานิวคลีอิก:ยีน"
OPTIONS
อินพุต ส่วน
-ลำดับ ภาคต่อ
-แฟ้มข้อมูล แฟ้มข้อมูล
ไฟล์ข้อมูลเริ่มต้นคือ Etcode.dat และมีความน่าจะเป็นในการเข้ารหัสสำหรับแต่ละฐาน
ความน่าจะเป็นสำหรับทั้งข้อมูลตำแหน่งและองค์ประกอบ ค่าเริ่มต้น
ค่า: Etcode.dat
ต้อง ส่วน
-หน้าต่าง จำนวนเต็ม
นี่คือจำนวนของฐานนิวคลีโอไทด์ซึ่งสถิติ TESTCODE จะเป็น
ดำเนินการในแต่ละครั้ง หน้าต่างจะเลื่อนไปตามซีเควนซ์ ครอบคลุมเหมือนกัน
จำนวนฐานในแต่ละครั้ง ค่าเริ่มต้น: 200
ค้นหาระดับสูง ส่วน
- ขั้นตอน จำนวนเต็ม
โดยค่าเริ่มต้น หน้าต่างที่เลือกจะเลื่อนไปตามลำดับนิวคลีโอไทด์สาม
ทีละฐาน โดยคงเฟรมไว้ (แม้ว่าอัลกอริธึมจะไม่ไวต่อเฟรม)
อาจมีการเปลี่ยนแปลงเพื่อเพิ่มหรือลดการเพิ่มของสไลด์ ค่าเริ่มต้น:
3
เอาท์พุต ส่วน
-พล็อต ข้อศอก
ในการเลือกกราฟของลำดับ (แกน X) ที่พล็อตเทียบกับคะแนนการเข้ารหัส (Y
แกน) จะปรากฏขึ้น ลำดับที่อยู่เหนือเส้นสีเขียวคือการเข้ารหัส ซึ่งอยู่ใต้เส้นสีแดง
ไลน์ไม่ได้เข้ารหัส ค่าเริ่มต้น: N
-outfile รายงาน
-กราฟ ไซกราฟ
ใช้ tcodee ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net