TrimmomaticPE - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

TrimmomaticPE - เครื่องมือตัดแต่งการอ่านที่ยืดหยุ่นสำหรับข้อมูล Illumina NGS

เรื่องย่อ

โหมดสิ้นสุดที่จับคู่:

ทริมโมมาติกพีอี [-กระทู้ หัวข้อ] [-phred33 | -phred64] [-trimlog บันทึกไฟล์] จับคู่ เอาท์พุต
1 ไม่ได้จับคู่ เอาท์พุต 1 จับคู่ เอาท์พุต 2 ไม่ได้จับคู่ เอาท์พุต 2 ขั้นตอน 1 ...

โหมดปลายเดียว:

ทริมโมเมติกส์อี [-กระทู้ หัวข้อ] [-phred33 | -phred64] [-trimlog บันทึกไฟล์] เอาท์พุต ขั้นตอน 1
...

DESCRIPTION

Trimmomatic ทำงานการตัดแต่งที่มีประโยชน์หลากหลายสำหรับ illumina paired-end และ single
สิ้นสุดข้อมูล การเลือกขั้นตอนการตัดแต่งและพารามิเตอร์ที่เกี่ยวข้องมีให้ใน
บรรทัดคำสั่ง

OPTIONS

-เฟร็ด
หากไม่มีการระบุคะแนนคุณภาพ phred-64 จะเป็นค่าเริ่มต้น

-ตัดแต่ง
การระบุไฟล์ trimlog จะสร้างบันทึกของการตัดแต่งการอ่านทั้งหมด ซึ่งบ่งชี้ว่า
รายละเอียดดังต่อไปนี้:

·ชื่ออ่าน

·ความยาวลำดับที่รอดตาย

·ที่ตั้งของฐานที่รอดชีวิตแห่งแรกหรือที่เรียกว่า จำนวนเงินที่ลดลงตั้งแต่เริ่มต้น

·ที่ตั้งของฐานที่รอดตายสุดท้ายในการอ่านต้นฉบับ

· จำนวนเงินที่ถูกตัดออกจากตอนท้าย

สามารถระบุได้หลายขั้นตอนตามต้องการ โดยใช้อาร์กิวเมนต์เพิ่มเติมในตอนท้าย

ขั้นตอนส่วนใหญ่ใช้การตั้งค่าอย่างน้อยหนึ่งรายการ คั่นด้วย ´:´ (ทวิภาค)

ตัวเลือกขั้นตอน:

อิลลูมินาคลิป: : : :
fastaWithAdaptersEtc: ระบุเส้นทางไปยังไฟล์ fasta ที่มีอะแดปเตอร์ทั้งหมด ลำดับ PCR เป็นต้น
การตั้งชื่อลำดับต่างๆ ภายในไฟล์นี้จะกำหนดวิธีการใช้งาน ดูด้านล่าง
seedMismatches: ระบุจำนวนที่ไม่ตรงกันสูงสุดซึ่งจะยังคงอนุญาตให้ดำเนินการจับคู่แบบเต็มได้
palindromeClipThreshold: ระบุว่าค่าที่ตรงกันระหว่างการอ่าน 'adapter ligated' ทั้งสองจะต้องตรงกันเพียงใดสำหรับการจัดตำแหน่งการอ่าน PE palindrome
simpleClipThreshold: ระบุว่าลำดับการจับคู่ระหว่างอแด็ปเตอร์และอื่น ๆ นั้นแม่นยำเพียงใดเทียบกับการอ่าน
.
อะแดปเตอร์ได้รับการติดตั้งบนระบบ Debian ที่ /usr/share/trimmomatic/

หน้าต่างบานเลื่อน: :
windowSize: ระบุจำนวนฐานถึงค่าเฉลี่ยทั่ว
requiredQuality: ระบุคุณภาพเฉลี่ยที่ต้องการ

ชั้นนำ:
คุณภาพ: ระบุคุณภาพขั้นต่ำที่จำเป็นในการรักษาฐาน

ต่อท้าย:
คุณภาพ: ระบุคุณภาพขั้นต่ำที่จำเป็นในการรักษาฐาน

พืชผล:
ความยาว: จำนวนฐานที่จะเก็บไว้ตั้งแต่เริ่มอ่าน

ส่วนหัว:
ความยาว: จำนวนฐานที่จะลบออกจากจุดเริ่มต้นของการอ่าน

ความยาวนาที:
length: ระบุความยาวต่ำสุดของการอ่านที่จะเก็บไว้

ลำดับการตัดแต่ง

การตัดแต่งเกิดขึ้นในลำดับที่ระบุขั้นตอนบนบรรทัดรับคำสั่ง มันคือ
แนะนำในกรณีส่วนใหญ่ที่การตัดอะแดปเตอร์ ถ้าจำเป็น ทำได้เร็วที่สุด
เป็นไปได้

ตัวอย่าง

ปลายคู่:

ทริมโมมาติกพีอี s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gz lane1_forward_paired.fq.gz
เลน1_forward_unpaired.fq.gz เลน1_reverse_paired.fq.gz เลน1_reverse_unpaired.fq.gz
ILLUMINACLIP:/usr/share/trimmomatic/illuminaClipping.fa:2:40:15 LEADING:3 TRAILING:3
บานเลื่อน:4:15 MINLEN:36

สิ่งนี้จะดำเนินการดังต่อไปนี้:

ถอดอะแดปเตอร์
ลบคุณภาพต่ำชั้นนำหรือฐาน N (ต่ำกว่าคุณภาพ 3)
ลบคุณภาพต่ำต่อท้ายหรือฐาน N (ต่ำกว่าคุณภาพ 3)
สแกนการอ่านด้วยหน้าต่างบานเลื่อนกว้าง 4 ฐาน ตัดเมื่อคุณภาพเฉลี่ยต่อฐานลดลงต่ำกว่า 15
หล่นอ่านด้านล่าง 36 ฐานยาว

เทียบเท่าสำหรับการอ่านแบบปลายเดียวคือ:

ทริมโมเมติกส์อี s_1_1_sequence.txt.gz เลน1_forward.fq.gz
ILLUMINACLIP:/usr/share/trimmomatic/illuminaClipping.fa:2:40:15 LEADING:3 TRAILING:3
บานเลื่อน:4:15 MINLEN:36

ใช้ TrimmomaticPE ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net