นี่คือคำสั่ง xplor2gmx ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
xplor2gmx - แปลงข้อ จำกัด ระยะทาง XPLOR เป็นรูปแบบ Gromacs
เรื่องย่อ
xplor2gmx (สารตกค้าง ชดเชย) input.pdb
DESCRIPTION
xplor2gmx อ่านไฟล์อินพุต XPLOR พร้อมข้อมูลการควบคุมระยะทางที่บางครั้งพบใน
ฐานข้อมูล pdb (http://www.pdb.org). จากไฟล์อินพุตนี้ ข้อจำกัดไดฮีดรัลควรเป็น
ถูกถอดออกจนเหลือเพียงการจำกัดระยะทางเท่านั้น สคริปต์สามารถจัดการกับความคลุมเครือ
ข้อ จำกัด มันแปลงการจำกัดระยะทางเป็นรูปแบบ GROMACS
ควรมีไฟล์ยับยั้ง (.dat) บน STDIN และไฟล์เอาต์พุตที่เหมาะสม (.itp) คือ
ส่งไปที่ STDOUT
ตัวอย่าง
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb < restraints.dat > disre.itp
OPTIONS
xplor2gmx ต้องการสองตัวเลือกบรรทัดคำสั่ง: อันดับแรก ออฟเซ็ตตกค้าง (จำนวนเต็ม); ที่สอง,
ชื่อไฟล์ .pdb ไฟล์ pdb ต้องมีเลขอะตอมที่ถูกต้อง
ใช้ xplor2gmx ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net