This is the Linux app named clusterProfiler whose latest release can be downloaded as clusterProfilersourcecode.tar.gz. It can be run online in the free hosting provider OnWorks for workstations.
ดาวน์โหลดและรันแอปชื่อ clusterProfiler ออนไลน์ด้วย OnWorks ได้ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ภาพหน้าจอ:
คลัสเตอร์โปรไฟล์เลอร์
รายละเอียด:
clusterProfiler คือแพ็กเกจ R/Bioconductor ที่มอบเวิร์กโฟลว์แบบครบวงจรสำหรับการวิเคราะห์การเสริมสมรรถนะเชิงฟังก์ชัน เพื่อตีความผลลัพธ์โอเมิกส์ที่มีปริมาณงานสูง แพ็กเกจนี้รองรับทั้งการวิเคราะห์การแทนค่าเกิน (over-representation analysis) และการวิเคราะห์การเสริมสมรรถนะชุดยีน (gene set enrichment analysis) ช่วยให้คุณสามารถทำงานกับรายการยีนที่ไม่ได้จัดอันดับ หรือสถิติที่จัดอันดับจากกระบวนการดิฟเฟอเรนเชียล แพ็กเกจนี้เชื่อมต่อกับฐานความรู้ที่หลากหลาย เช่น Gene Ontology, KEGG, Reactome, Disease Ontology, MeSH และอื่นๆ ผ่านอินเทอร์เฟซที่สอดคล้องกัน คุณจึงสามารถสืบค้นข้อมูลทางชีววิทยาที่หลากหลายได้โดยไม่ต้องเขียนโค้ดใหม่ แพ็กเกจนี้ได้รับการออกแบบมาเพื่อให้ครอบคลุมทั้งฟีเจอร์การเข้ารหัสและฟีเจอร์ที่ไม่เข้ารหัส รวมถึงสิ่งมีชีวิตนับพันชนิด โดยใช้ประโยชน์จากคำอธิบายประกอบที่อัปเดตอย่างต่อเนื่อง ผลลัพธ์จะแสดงในโครงสร้างที่เป็นระเบียบเรียบร้อยและง่ายต่อการจัดการ และจับคู่กับฟังก์ชันการสร้างภาพข้อมูลที่หลากหลาย (ผ่านเครื่องมือเสริม) เพื่อสรุปวิถี คำศัพท์ และความสัมพันธ์ระหว่างชุดยีน
คุณสมบัติ
- เวิร์กโฟลว์ ORA และ GSEA แบบรวมในแหล่งคำอธิบายประกอบหลายแหล่ง
- รองรับสายพันธุ์กว้างโดยใช้คำอธิบายยีนที่ทันสมัย
- เอาท์พุตที่เป็นระเบียบเรียบร้อยซึ่งรวมเข้ากับไพพ์ไลน์ข้อมูล R ดาวน์สตรีมได้อย่างชัดเจน
- การสร้างภาพผลลัพธ์การเสริมประสิทธิภาพในตัวผ่านเครื่องมือสร้างแผนภูมิคู่ขนาน
- ยูทิลิตี้การเปรียบเทียบหลายกลุ่ม (เช่น compareCluster) สำหรับการวิเคราะห์ข้ามเงื่อนไข
- รายละเอียดและคู่มือสำหรับการศึกษาเสริมสมรรถนะแบบครบวงจรที่สามารถทำซ้ำได้
ภาษาโปรแกรม
R
หมวดหมู่
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/clusterprofiler.mirror/ ได้ แอปพลิเคชันนี้โฮสต์อยู่ใน OnWorks เพื่อให้ใช้งานออนไลน์ได้ง่ายที่สุดจากระบบปฏิบัติการฟรีของเรา