นี่คือแอป Linux ชื่อ CStone ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรุ่นล่าสุดเป็น cstone.zip สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ CStone พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ภาพหน้าจอ:
ซีสโตน
รายละเอียด:
CStone เป็นแอสเซมเบลอร์เดอโนโวสำหรับข้อมูล RNA-Seq ที่ใช้ de Bruijn เหมือนกราฟและใส่คำอธิบายประกอบแต่ละส่วนที่สร้างขึ้นด้วยระดับการจำแนกกราฟหนึ่งในสามระดับที่ระบุว่าสามารถรับประกันได้หรือไม่ว่าไม่ใช่ไคเมริก ระดับการจำแนกประเภทขึ้นอยู่กับความซับซ้อนของตระกูลยีนที่มาจากการอ่าน ผลพลอยได้นี้ยังให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับการสร้างโครงสร้างของตระกูลยีนพื้นฐานที่ได้รับการจัดลำดับ รายละเอียดเพิ่มเติมจะมีให้ในไม่ช้าในเอกสารของเรา: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34813594/.
คุณสมบัติ
- การประกอบใหม่ของข้อมูล RNA-Seq
- การระบุ contigs ที่ไม่ใช่ chimeric
- ความเข้ากันได้ข้ามแพลตฟอร์ม
- โถปฏิบัติการพร้อมใช้งาน
- ไม่จำเป็นต้องใช้แพ็คเกจภายนอก
- รหัสง่ายต่อการติดตามและรวมเข้ากับเครื่องมืออื่น ๆ
- ข้อมูลเกี่ยวกับความซับซ้อนของตระกูลยีนต้นแบบ
- de Bruijn ชอบแนวทาง (ผ่อนปรนมากขึ้น)
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/cstone/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา