นี่คือแอป Windows ชื่อ GenomeRunner ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรุ่นล่าสุดได้ในชื่อ GenomeRunner-v4.0-Setup.zip สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ GenomeRunner พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OS OnWorks จากเว็บไซต์นี้ แต่โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows ที่ดีกว่า
- 5. จากระบบปฏิบัติการ Windows ของ OnWorks ที่คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นและติดตั้ง
- 7. ดาวน์โหลดไวน์จากที่เก็บซอฟต์แวร์ลีนุกซ์ดิสทริบิวชันของคุณ เมื่อติดตั้งแล้ว คุณสามารถดับเบิลคลิกที่แอปเพื่อเรียกใช้แอปด้วย Wine คุณยังสามารถลองใช้ PlayOnLinux ซึ่งเป็นอินเทอร์เฟซแฟนซีบน Wine ที่จะช่วยคุณติดตั้งโปรแกรมและเกมยอดนิยมของ Windows
ไวน์เป็นวิธีเรียกใช้ซอฟต์แวร์ Windows บน Linux แต่ไม่จำเป็นต้องใช้ Windows Wine เป็นเลเยอร์ความเข้ากันได้ของ Windows แบบโอเพ่นซอร์สที่สามารถเรียกใช้โปรแกรม Windows ได้โดยตรงบนเดสก์ท็อป Linux โดยพื้นฐานแล้ว Wine พยายามนำ Windows กลับมาใช้ใหม่ให้เพียงพอตั้งแต่เริ่มต้น เพื่อให้สามารถเรียกใช้แอปพลิเคชัน Windows เหล่านั้นทั้งหมดโดยไม่จำเป็นต้องใช้ Windows จริงๆ
ภาพหน้าจอ:
จีโนมนักวิ่ง
รายละเอียด:
หมายเหตุ: เวอร์ชันนี้ต้องการไฟล์ฐานข้อมูล SQLite เพิ่มเติม ติดต่อนักพัฒนาเพื่อรับพวกเขา
ใช้ http://www.integrativegenomics.org/ สำหรับข้อมูลล่าสุดและการวิเคราะห์
GenomeRunner เป็นเครื่องมือสำหรับการสำรวจจีโนมโดยอัตโนมัติ มันทำการวิเคราะห์คำอธิบายประกอบและการเพิ่มสมรรถนะของบริเวณจีโนมที่ผู้ใช้จัดหา (SNP, ไซต์การจับ ChIP-seq เป็นต้น) กับคุณลักษณะอีพีจีโนม >6,000 (จีโนมมนุษย์) ที่มีให้จากเบราว์เซอร์จีโนม UCSC
อินพุต - ข้อมูลข้อมูลทั้งจีโนมในรูปแบบ .bed (ไฟล์ข้อความที่คั่นด้วยแท็บด้วย chrom, chromStart, chromEnd)
เอาต์พุตการวิเคราะห์คำอธิบายประกอบ - คำอธิบายประกอบโดยละเอียดของแต่ละภูมิภาคจีโนมในข้อมูลอินพุต ใช้เพื่อจัดลำดับความสำคัญของภูมิภาคจีโนมแต่ละแห่งตามจำนวนคุณลักษณะอีพีจีโนมิกทั้งหมดที่พวกมันโลคัลไลซ์ด้วย
เอาต์พุตการวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่า - ค่า p ของการโลคัลไลเซชันร่วมที่มีนัยสำคัญทางสถิติของข้อมูลอินพุตของทั้งจีโนมพร้อมคุณลักษณะหมายเหตุประกอบของจีโนมที่เลือกไว้สำหรับการวิเคราะห์ ใช้เพื่อจัดลำดับความสำคัญของคุณลักษณะ epigenomic ที่เกี่ยวข้องกับข้อมูลผู้ใช้
คุณสมบัติ
- การวิเคราะห์บริเวณจีโนม (ChIP-seq, RNA-seq, DNA methylation, SNPs/CNVs เป็นต้น)
- เข้ารหัสข้อมูล
- การวิเคราะห์คำอธิบายประกอบและการเพิ่มคุณค่า
- รูปแบบไฟล์ BED (chrom, chromStart, chromEnd)
- ภาพรวมวิดีโอ (http://youtu.be/v9p9FClrqXU)
ผู้ชม
วิทยาศาสตร์/การวิจัย ผู้ใช้ปลายทาง/เดสก์ท็อป
ส่วนติดต่อผู้ใช้
โครงการเป็นระบบอินเทอร์เฟซผู้ใช้ (UI)
ภาษาโปรแกรม
Visual Basic .NET
สภาพแวดล้อมฐานข้อมูล
อิงตาม SQL
หมวดหมู่
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/genomerunner/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา