Ito ang command na autodock4 na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
autodock - docking ng mga kemikal na ligand sa mga receptor ng protina
SINOPSIS
autodock4 [pagpipilian]
DESCRIPTION
Ginagawa ng AutoDock ang automated docking ng mga kemikal na compound sa mga protina, ibig sabihin, hinuhulaan nito
kung paano nagbubuklod ang maliliit na molekula, gaya ng mga substrate o mga kandidato ng gamot, sa isang receptor ng kilalang 3D
istraktura.
Ang AutoDockSuite ay binubuo ng dalawang pangunahing programa kung saan ang AutoDock ay nagsasagawa ng docking
ang ligand sa isang hanay ng mga grids na naglalarawan sa target na protina at mga pre-calculate ng AutoGrid
mga grids na ito.
Opsyon
-p parameter_filename
-l log_filename
-o Gumamit ng lumang PDBQ na format, singilin q sa mga column 55-61
-k Panatilihin ang mga orihinal na nalalabi na numero
-i Huwag pansinin ang pagsuri sa header
-t I-parse ang PDBQ file upang suriin ang mga torsion, pagkatapos ay huminto.
-c < command_file Command mode, ayon sa file
-c | control_program Command mode, sa pamamagitan ng control_program
Halimbawa
Sa Debian, nag-aalok ang direktoryo /usr/share/doc/autodock ng mga halimbawang tatakbo. Ibahin mo yan
direktoryo at i-unpack (bilang ugat) ang mga gzipped na file ng mapa, pagkatapos ay isagawa ang AutoDock tulad ng ipinapakita
sa ibaba:
gunzip *.map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
Ang interpretasyon ng mga resulta ay tinutulungan ng AutoDockTools suite. Mangyaring suriin din ang
mga tutorial na inaalok online.
Gamitin ang autodock4 online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net