Ito ang command diffseqe na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
diffseq - Ihambing at iulat ang mga tampok ng dalawang magkatulad na pagkakasunud-sunod
SINOPSIS
diffseq -pagkakasunod-sunod pagkakasunud-sunod -pagkakasunod pagkakasunud-sunod - laki ng salita kabuuan
[-pagkakaiba-iba ng mundo boolean] -outfile ulat -aoutfeat featout -boutfeat featout
diffseq -tulong
DESCRIPTION
diffseq ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open
Software Suite”). Ito ay bahagi ng (mga) command group na "Alignment:Differences."
Opsyon
input seksyon
-pagkakasunod-sunod pagkakasunud-sunod
-pagkakasunod pagkakasunud-sunod
Kailangan seksyon
- laki ng salita kabuuan
Ang mga katulad na rehiyon sa pagitan ng dalawang sequence ay matatagpuan sa pamamagitan ng paggawa ng hash table ng
'wordsize'd kasunod. 10 ay isang makatwirang default. Palakihin ang halagang ito (20?)
maaaring pabilisin ng bahagya ang programa, ngunit nangangahulugang anumang dalawang pagkakaiba sa loob
Ang 'kalaki ng salita' ng bawat isa ay ipapangkat bilang isang rehiyon ng pagkakaiba. Ang halagang ito
maaaring gawing mas maliit (4?) upang mapabuti ang paglutas ng mga kalapit na pagkakaiba, ngunit ang
magiging mas mabagal ang programa. Default na halaga: 10
karagdagan seksyon
-pagkakaiba-iba ng mundo boolean
Karaniwan ang program na ito ay makakahanap ng mga rehiyon ng pagkakakilanlan na ang haba ng
tinukoy na laki ng salita o mas malaki at pagkatapos ay iuulat ang mga rehiyon ng pagkakaiba sa pagitan
mga katugmang rehiyong ito. Gumagana ito nang maayos at ito ang gusto ng karamihan sa mga tao kung oo
nagtatrabaho sa mahabang magkakapatong na mga pagkakasunud-sunod ng nucleic acid. Karaniwang hindi ka interesado
sa mga hindi magkakapatong na dulo ng mga sequence na ito. Kung mayroon kang mga sequence ng protina o maikli
Gayunpaman, ang mga sequence ng RNA, magiging interesado ka sa mga pagkakaiba sa pinakadulo . Ito
ang opsyong ito ay nakatakdang maging totoo at ang mga pagkakaiba sa mga dulo ay iuulat din.
Default na halaga: N
Pagbubuhos seksyon
-outfile ulat
-aoutfeat featout
File para sa output ng mga feature ng unang sequence Default na halaga: $(sequence.name).diffgff
-boutfeat featout
File para sa output ng mga tampok ng pangalawang sequence Default na halaga: $(bsequence.name).diffgff
Gumamit ng diffseqe online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net