Ito ang command fahash na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
fahash - sequence hash builder para sa reverse e-PCR
SINOPSIS
fahash [-hV] -b hash-file [-w wdsize] [-f period] [-F fragment_min,fragment_max] [-k] [-c
cachesize] [-v 1|2] famap-file ...
fahash [-hV] -T hash-file [-o outfile]
DESCRIPTION
Ang programa fahash ay bahagi ng e-PCR suite at ginagamit upang bumuo ng mga hash-file, at output
mga istatistika ng paggamit ng salita para sa reverse e-PCR na mga paghahanap.
Opsyon
-b hash-file
Bumuo ng mga hash table (hash-file) mula sa mga sequence file,
-T hash-file
Mag-print ng mga istatistika ng paggamit ng salita para sa hash-file
-o outfile
Isulat ang output sa file na `outfile'
build-opsyon:
-w kasing laki ng salita
Itakda ang laki ng salita kapag gumagawa ng mga hash table
-f panahon
Magtakda ng discontiguity kapag gumagawa ng mga hash table
-k Laktawan ang mga pag-uulit kapag bumubuo ng hash-file
-F min, max
Magtakda ng mga watermark para sa laki ng fragment (sa Mb) (bersyon 1 lang)
-c laki ng cache
Itakda ang laki ng cache (bersyon 2 lang)
-v ver Gamitin ang bersyon ng format (1|2, 2 ang default)
Halimbawa
famap -tN -b genome.famap org/chr_*.fa
fahash -b genome.hash -w 12 -f3 ${PWD}/genome.famap
re-PCR -s genome.hash -n1 -g1 ACTATTGATGATGA AGGTAGATGTTTTT 120-200
Tingnan famap(1) at muling pcr(1)
Gamitin ang fahash online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net