featureCounts - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

featureCounts - isang napakahusay at tumpak na read summarization program

PAGGAMIT

featureCounts [mga pagpipilian] -a -o input_file1 [input_file2]
...

Mga kinakailangang argumento:

-a
Pangalan ng annotation file. GTF format bilang default. Tingnan mo -F opsyon para sa higit pang mga format.

-o
Pangalan ng output file kasama ang mga read count. Isang hiwalay na file kasama ang buod
ang mga istatistika ng pagbibilang ng mga resulta ay kasama rin sa output (` .buod')

input_files
Listahan ng mga input file sa BAM o SAM na format. Hindi kailangang tukuyin ng mga user na ito ay BAM o
SAT

Opsyonal na mga argumento:

-A
Pangalan ng isang comma delimited file kasama ang mga pangalan ng chromosome alias na ginamit upang tumugma
mga pangalan ng chromosome na ginamit sa anotasyon kasama ang mga ginamit sa input ng BAM/SAM, kung mayroon
magkaiba. Tingnan ang Gabay sa Mga Gumagamit para sa format ng file.

-F
Tukuyin ang format ng ibinigay na file ng anotasyon. Kasama sa mga katanggap-tanggap na format ang `GTF' at
`SAF'. `GTF' bilang default. Tingnan ang Gabay sa Mga Gumagamit para sa paglalarawan ng format ng SAF.

-t
Tukuyin ang uri ng feature sa GTF annotation. `exon' bilang default. Mga tampok na ginagamit para sa pagbabasa
ang pagbibilang ay kukunin mula sa anotasyon gamit ang ibinigay na halaga.

-g
Tukuyin ang uri ng katangian sa GTF annotation. `gene_id' bilang default. Meta-feature na ginamit
para sa read counting ay makukuha mula sa anotasyon gamit ang ibinigay na halaga.

-f Magsagawa ng read counting sa feature level (hal. counting reads para sa mga exon sa halip na
mga gene).

-O Magtalaga ng mga pagbabasa sa lahat ng kanilang magkakapatong na meta-feature (o mga feature kung -f is
tinukoy).

-s
Magsagawa ng strand-specific read counting. Mga posibleng value: 0 (unstranded), 1
(stranded) at 2 (reversely stranded). 0 bilang default.

-M Bibilangin din ang mga multi-mapping reads. Para sa isang multimapping read, iniulat ang lahat
bibilangin ang mga alignment. Ang `NH' na tag sa BAM/SAM input ay ginagamit upang matukoy
multi-mapping reads.

-Q
Ang pinakamababang marka ng kalidad ng pagmamapa na dapat matugunan ng isang nabasa upang mabilang. Para sa
paired-end reads, kahit isang dulo ay dapat matugunan ang pamantayang ito. 0 bilang default.

-T
Bilang ng mga thread. 1 bilang default.

-v Output na bersyon ng programa.

-J Bilangin ang bilang ng mga nabasa na sumusuporta sa bawat exon-exon junction. Ang mga junction ay
nakilala mula sa mga exon-spanning reads sa input (naglalaman ng 'N' sa CIGAR
string). Ang pagbibilang ng mga resulta ay nai-save sa isang file na pinangalanang ' .jcounts'

-G
Ang Fasta file na naglalaman ng reference genome na ginamit sa pagbuo ng input na SAM o
BAM file. Ang argumentong ito ay kailangan lamang kapag gumagawa ng junction counting.

-R I-output ang detalyadong resulta ng pagtatalaga para sa bawat nabasa. Isang text file ang bubuo para sa
bawat input file, kasama ang mga pangalan ng mga nabasa at meta-features/features reads
nakatalaga sa. Tingnan ang Gabay sa Mga Gumagamit para sa higit pang mga detalye.

--pinakamalakingOverlap
Magtalaga ng mga nabasa sa isang meta-feature/feature na may pinakamalaking bilang ng mga overlapping
mga base

--minOverlap
Tukuyin ang minimum na bilang ng mga magkakapatong na base na kinakailangan sa pagitan ng isang read at a
meta-feature/feature kung saan nakatalaga ang read. 1 bilang default.

--read2pos <5: 3>
Bawasan ang mga nabasa sa kanilang 5' pinaka-base o 3' pinaka-base. Isinasagawa ang pagbilang ng pagbasa
batay sa iisang base ang binabasa ay nabawasan sa.

--readExtension5 Ang mga pagbabasa ay pinalawak hanggang sa agos ng base mula sa kanilang
5' dulo.

--readExtension3 Ang mga pagbabasa ay pinalawak hanggang sa agos ng base mula sa kanilang
3' dulo.

--maliit na bahagi
Gumamit ng fractional na bilang na 1/n, sa halip na 1 (isang) bilang, para sa bawat naiulat na pagkakahanay
ng isang multi-mapping read sa read counting. n ay kabuuang bilang ng mga pagkakahanay na iniulat
para sa multi-mapping read. Ang opsyong ito ay dapat gamitin kasama ng '-M' na opsyon.

--pangunahin
Bilangin ang mga pangunahing pagkakahanay lamang. Natutukoy ang mga pangunahing alignment gamit ang bit 0x100 in
Field ng SAM/BAM FLAG.

--ignoreDup
Huwag pansinin ang mga duplicate na nabasa sa pagbibilang ng nabasa. Natutukoy ang mga duplicate na nabasa gamit ang bit
Ox400 sa field ng BAM/SAM FLAG. Binabalewala ang buong pares ng nabasa kung ang isa sa mga nabasa ay
isang duplicate na nabasa para sa ipinares na data ng pagtatapos.

--countSplitAlignmentsOnly Bilangin lamang ang mga split alignment (ibig sabihin, mga alignment sa
CIGAR string na naglalaman ng `N'). Ang isang halimbawa ng split alignment ay exon-spanning reads
sa RNA-seq data.

-p Bilangin ang mga fragment (magbasa ng mga pares) sa halip na mga indibidwal na nabasa. Para sa bawat pares na binasa, nito
dalawang reads ay dapat na magkatabi sa BAM/SAM input.

-P Suriin ang validity ng paired-end distance kapag nagbibilang ng read pairs. Gamitin -d at -D sa
magtakda ng mga threshold.

-d
Minimum na haba ng fragment/template, 50 bilang default.

-D
Pinakamataas na haba ng fragment/template, 600 bilang default.

-B Bilangin ang mga pares na nabasa na ang parehong dulo ay matagumpay na nakahanay lamang.

-S
Tukuyin ang oryentasyon ng dalawang pagbabasa mula sa parehong pares, 'fr' bilang default
(pasulong/baligtad).

-C Huwag bilangin ang mga pares na binasa na ang kanilang dalawang dulo ay nagma-map sa magkaibang chromosome
o pagmamapa sa parehong chromosome ngunit sa magkaibang mga hibla.

--donotsort
Huwag ayusin ang mga nabasa sa input ng BAM/SAM. Tandaan na ang mga pagbabasa mula sa parehong pares ay kinakailangan
na matatagpuan sa tabi ng bawat isa sa input.

--maxMOp
Maximum na bilang ng mga 'M' na operasyon na pinapayagan sa isang CIGAR string . 10 bilang default. pareho
Ang 'X' at '=' ay itinuturing bilang 'M' at ang mga katabing 'M' na operasyon ay pinagsama sa CIGAR
string.

Gumamit ng featureCounts online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net