Ito ang command glam2-purge na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
glam2-purge - Tinatanggal ang mga paulit-ulit na sequence mula sa isang FASTA file
SINOPSIS
glam2-purga file puntos [pagpipilian]
DESCRIPTION
glam2-purga ay isang binagong bersyon ng Andrew Neuwald's pampadumi program na nag-aalis ng kalabisan
mga sequence mula sa isang FASTA file. Inirerekomenda ito upang maiwasan ang lubos na katulad
mga sequence na bumabaluktot sa paghahanap ng mga motif. Gumagana ang purge sa alinman sa DNA o protina
sequences at lumilikha ng isang output file na walang dalawang sequence na mayroong (gapless) na lokal
mas mataas ang marka ng alignment kaysa sa threshold na tinukoy ng user. Ang output file ay pinangalanan
. . Ang marka ng pagkakahanay ay batay sa BLOSUM62 matrix para sa mga protina, at sa a
+5/-1 iskema ng pagmamarka para sa DNA. Maaari ding gamitin ang purge para i-mask ang mga pag-uulit ng tandem. Ginagamit nito ang
XNU program para sa layuning ito.
Opsyon
-n
Ang mga sequence ay DNA (default: protina).
-b
Gumamit ng blast heuristic method (default para sa protina).
-e
Gumamit ng isang kumpletong paraan (default para sa DNA).
-q
Panatilihin ang unang sequence sa set.
-x
Gamitin ang xnu para i-mask ang mga pag-uulit ng tandem ng protina.
Gumamit ng glam2-purge online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net