gmod_gff3_preprocessor.plp - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

$0 - Naghahanda ng GFF3 file para sa maramihang paglo-load sa isang database ng chado.

SINOPSIS

% gmod_gff_preprocessor [mga opsyon] --gfffile

COMMAND-LINE Opsyon

--gfffile Ang file na naglalaman ng GFF3 (opsyonal, maaaring basahin
mula sa stdin)
--outfile Ang pangalan ng kernel na gagamitin para sa pagbibigay ng pangalan sa mga file ng resulta
--splitfile Hatiin ang mga file sa mas mapapamahalaang mga tipak, na nagbibigay
isang argumento upang kontrolin ang paghahati
--onlysplit Hatiin ang mga file at pagkatapos ay huminto (ibig sabihin, huwag ayusin)
--nosplit Huwag hatiin ang mga file (ibig sabihin, pag-uri-uriin lamang)
--hasrefseq Itakda ito kung ang file ay naglalaman ng reference sequence line
(Kailangan lamang kung hindi paghahati ng mga file)
--dbprofile Tumukoy ng pangalan ng profile ng gmod.conf (kung hindi man ay gumamit ng default)
--inheritance_tiers Ilang antas ng inheritance ang inaasahan mong tis file
magkaroon ng (default: 3)

DESCRIPTION

splitfile -- Ang pagtatakda lamang ng flag na ito sa 1 ay magiging sanhi ng paghahati ng file sa pamamagitan ng sanggunian
pagkakasunod-sunod. Kung magbibigay ka ng opsyonal na argumento, mahahati pa ito ayon sa
mga panuntunang ito:

source=1 Hinahati ang mga file ayon sa value sa source column
source=a,b,c Naglalagay ng mga linya na may mga source na tumutugma (sa pamamagitan ng regular na expression)
'a', 'b', o 'c' sa isang hiwalay na file
type=a,b,c Naglalagay ng mga linyang may mga uri na tumutugma sa 'a', 'b', o 'c' sa isang
hiwalay na file

Halimbawa, kung gusto mong mapunta ang lahat ng resulta ng iyong pagsusuri sa isang hiwalay na file, ikaw
maaaring magpahiwatig ng '--splitfile type=match', at lahat ng cDNA_match, EST_match at
Ang mga tampok na cross_genome_match ay mapupunta sa magkakahiwalay na mga file (paghiwalayin ayon sa pagkakasunud-sunod ng sanggunian).

inheritence_tiers -- Ang bilang ng mga antas ng inheritance na mayroon ang file na ito. Halimbawa, kung
ang file ay may "central dogma" na mga gene sa loob nito (gene/mRNA/ exon,polypeptide), pagkatapos ay mayroon itong 3. Pataas
hanggang 4 ay sinusuportahan ngunit mas mataas ang bilang, mas mabagal ang pagganap nito. Kung hindi mo gagawin
alam, 3 ay isang makatwirang hula.

MABILIS pagkakasunud-sunod
Kung ang GFF3 file ay naglalaman ng FASTA sequence sa dulo, ang sequence ay ilalagay sa a
hiwalay na file na may extension na '.fasta'. Ang fasta file na ito ay maaaring i-load nang hiwalay pagkatapos
ang split at/o pinagsunod-sunod na GFF3 file ay na-load, gamit ang command:

gmod_bulk_load_gff3.pl -g

Gamitin ang gmod_gff3_preprocessor.plp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net