Ito ang command na gmx-dyndom na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
gmx-dyndom - I-interpolate at i-extrapolate ang mga pag-ikot ng istraktura
SINOPSIS
gmx dyndom [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-firstangle ] [-lastangle ] [-nframe ]
[-maxangle ] [-trans ] [-headhead ]
[-buntot ]
DESCRIPTION
gmx dyndom nagbabasa ng a .pdb output ng file mula sa DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). Ito
binabasa ang mga coordinate, ang mga coordinate ng rotation axis, at isang index file na naglalaman
ang mga domain. Higit pa rito, kinakailangan ang una at huling atom ng arrow file bilang command
mga argumento ng linya (ulo at buntot) at sa wakas ay kukuha ng vector ng pagsasalin (ibinigay sa
DynDom info file) at ang anggulo ng pag-ikot (pati na rin bilang mga argumento ng command line). Kung ang anggulo
na tinutukoy ng DynDom ay ibinigay, ang isa ay dapat na mabawi ang pangalawang istraktura na ginamit para sa
pagbuo ng output ng DynDom. Dahil sa limitadong katumpakan ng numero ito ay dapat
na-verify sa pamamagitan ng pag-compute ng all-atom RMSD (gamit gmx kinumpirma) kaysa sa paghahambing ng file
(gamit ang diff).
Ang layunin ng programang ito ay i-interpolate at i-extrapolate ang rotation gaya ng nakita ni
DynDom. Bilang resulta, ang mga hindi pisikal na istruktura na may mahaba o maikling mga bono, o nagsasapawan ng mga atomo
maaaring gawin. Maaaring kailanganin ang visual na inspeksyon, at pagliit ng enerhiya upang mapatunayan
ang istraktura.
Opsyon
Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:
-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
File ng bangko ng data ng protina
-n [<.ndx>] (domains.ndx)
Index file
Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:
-o [<.xtc/.trr/...>] (rotated.xtc)
Trajectory: xtc trr malaki g96 pdb tng
Iba pang mga opsyon:
-firstangle (0)
Anggulo ng pag-ikot tungkol sa pag-ikot ng vector
-lastangle (0)
Anggulo ng pag-ikot tungkol sa pag-ikot ng vector
-nframe (11)
Bilang ng mga hakbang sa landas
-maxangle (0)
Tinukoy ng DymDom ang anggulo ng pag-ikot tungkol sa vector ng pag-ikot
-trans (0)
Pagsasalin (Angstrom) kasama ng rotation vector (tingnan ang DynDom info file)
-headhead (0 0 0)
Unang atom ng arrow vector
-buntot (0 0 0)
Huling atom ng arrow vector
Gumamit ng gmx-dyndom online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net