gmx-hbond - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-hbond - Mag-compute at magsuri ng mga hydrogen bond

SINOPSIS

gmx hbond [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-num [<.xvg>]] [-g [<.log>]] [- at [<.xvg>]]
[-dist [<.xvg>]] [-ang [<.xvg>]] [-hx [<.xvg>]]
[-hbn [<.ndx>]] [-hbm [<.xpm>]] [-don [<.xvg>]]
[-dan [<.xvg>]] [-buhay [<.xvg>]] [-nhbdist [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-ikaw ]
[-xvg ] [-a ] [-r ] [-[hindi]da]
[-2 ] [-abin ] [-rbin ] [-[no]nitacc]
[-[walang komunikasyon] [-shell ] [-fitstart ]
[-fitend ] [-temp ] [-tapon ]
[-max_hb ] [-[no]pagsamahin] [-acflen ]
[-[no] gawing normal] [-P ] [-fitfn ]
[-magsimula ] [-endfit ]

DESCRIPTION

gmx hbond kinukuwenta at sinusuri ang mga bono ng hydrogen. Ang mga hydrogen bond ay tinutukoy batay sa
cutoff para sa anggulo Hydrogen - Donor - Acceptor (zero ay pinalawak) at ang distansya
Donor - Acceptor (o Hydrogen - Acceptor gamit ang -noda). Ang mga pangkat ng OH at NH ay itinuturing na
donors, O ay isang acceptor palagi, N ay isang acceptor bilang default, ngunit ito ay maaaring ilipat
paggamit -nitacc. Ang mga dummy hydrogen atoms ay ipinapalagay na konektado sa unang nauna
non-hydrogen atom.

Kailangan mong tukuyin ang dalawang grupo para sa pagsusuri, na dapat ay magkapareho o
hindi magkakapatong. Ang lahat ng mga bono ng hydrogen sa pagitan ng dalawang grupo ay sinusuri.

Kung itinakda mo -shell, hihilingin sa iyo ng karagdagang pangkat ng index na dapat maglaman
eksaktong isang atom. Sa kasong ito, ang mga bono ng hydrogen lamang sa pagitan ng mga atomo sa loob ng shell
Isinasaalang-alang ang distansya mula sa isang atom.

Sa opsyon -ac, ang mga rate ng constant para sa hydrogen bonding ay maaaring makuha sa modelo ng
Luzar at Chandler (Nature 394, 1996; J. Chem. Phys. 113:23, 2000) o kay Markovitz
at Agmon (J. Chem. Phys 129, 2008). Kung susuriin ang contact kinetics sa pamamagitan ng paggamit ng
-contact na opsyon, kung gayon ang n(t) ay maaaring tukuyin bilang alinman sa lahat ng mga pares na wala sa contact
distansya r sa oras t (naaayon sa pag-iwan sa -r2 na opsyon sa default na halaga 0) o
lahat ng mga pares na nasa loob ng distansya r2 (naaayon sa pagtatakda ng pangalawang cut-off na halaga
na may opsyon -r2). Tingnan ang nabanggit na literatura para sa higit pang mga detalye at kahulugan.

output:

· -num: bilang ng mga hydrogen bond bilang isang function ng oras.

· - at: average sa lahat ng autocorrelations ng mga function ng pag-iral (alinman sa 0 o 1)
ng lahat ng hydrogen bond.

· -dist: Distribusyon ng distansya ng lahat ng hydrogen bond.

· -ang: angle distribution ng lahat ng hydrogen bonds.

· -hx: ang bilang ng n-n+i hydrogen bond bilang isang function ng oras kung saan nakatayo ang n at n+i
para sa mga natitirang numero at ang i ay mula 0 hanggang 6. Kabilang dito ang n-n+3, n-n+4 at
n-n+5 hydrogen bond na nauugnay sa mga helice sa mga protina.

· -hbn: lahat ng napiling grupo, donor, hydrogen at acceptor para sa mga napiling grupo, lahat
hydrogen bonded atoms mula sa lahat ng grupo at lahat ng solvent atoms na kasangkot sa pagpasok.

· -hbm: existence matrix para sa lahat ng hydrogen bond sa lahat ng frame, naglalaman din ito
impormasyon sa pagpasok ng solvent sa mga bono ng hydrogen. Ang pag-order ay kapareho nito
in -hbn index file.

· -dan: isulat ang bilang ng mga donor at tumatanggap na nasuri para sa bawat takdang panahon. Ito
ay lalong kapaki-pakinabang kapag ginagamit -shell.

· -nhbdist: kalkulahin ang bilang ng mga HBonds bawat hydrogen upang maihambing ang mga resulta sa
Raman Spectroscopy.

Tandaan: mga pagpipilian - at, -buhay, -hbn at -hbm nangangailangan ng dami ng memorya na proporsyonal sa
ang kabuuang bilang ng mga nag-donate ay natitiklop sa kabuuang bilang ng mga tumanggap sa napiling (mga) pangkat.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Portable xdr run input file

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opsyonal)
Index file

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-num [<.xvg>] (hbnum.xvg)
xvgr/xmgr file

-g [<.log>] (hbond.log) (Opsyonal)
Mag-log file

- at [<.xvg>] (hbac.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-dist [<.xvg>] (hbdist.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-ang [<.xvg>] (hbang.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-hx [<.xvg>] (hbhelix.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-hbn [<.ndx>] (hbond.ndx) (Opsyonal)
Index file

-hbm [<.xpm>] (hbmap.xpm) (Opsyonal)
X PixMap na katugmang matrix file

-don [<.xvg>] (donor.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-dan [<.xvg>] (danum.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-buhay [<.xvg>] (hblife.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-nhbdist [<.xvg>] (nhbdist.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

Iba pang mga opsyon:

-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-dt (0)
Gumamit lamang ng frame kapag t MOD dt = unang pagkakataon (ps)

-ikaw (ps)
Unit para sa mga halaga ng oras: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala

-a (30)
Cutoff angle (degrees, Hydrogen - Donor - Acceptor)

-r (0.35)
Cutoff radius (nm, X - Acceptor, tingnan ang susunod na opsyon)

-[hindi]da (oo)
Gamitin ang distansyang Donor-Acceptor (kung TRUE) o Hydrogen-Acceptor (FALSE)

-2 (0)
Pangalawang cutoff radius. Pangunahing kapaki-pakinabang sa -kontak at - at

-abin (1)
Pamamahagi ng anggulo ng binwidth (degrees)

-rbin (0.005)
Distribusyon ng distansya ng Binwidth (nm)

-[no]nitacc (oo)
Isaalang-alang ang mga nitrogen atoms bilang mga acceptor

-[walang komunikasyon (hindi)
Huwag maghanap ng mga hydrogen bond, ngunit para lamang sa mga contact sa loob ng cut-off na distansya

-shell (-1)
kapag > 0, kalkulahin lamang ang mga hydrogen bond sa loob ng # nm shell sa paligid ng isang particle

-fitstart (1)
Oras (ps) kung saan simulan ang pag-angkop sa mga function ng ugnayan upang makuha
ang forward at backward rate constants para sa HB breaking at formation. Sa -gemfit
iminumungkahi namin -fitstart 0

-fitend (60)
Oras (ps) kung saan ihihinto ang pag-angkop sa mga function ng ugnayan upang makuha ang
forward at backward rate constants para sa HB breaking at formation (lamang na may
-gemfit)

-temp (298.15)
Temperatura (K) para sa pag-compute ng enerhiya ng Gibbs na tumutugma sa HB breaking at
pagbabagong-anyo

-tapon (0)
Itapon ang unang N hydrogen bond ACF sa isang solong .xvg file para sa pag-debug

-max_hb (0)
Theoretical maximum na bilang ng mga hydrogen bond na ginagamit para sa pag-normalize ng HB
pag-andar ng autocorrelation. Maaaring maging kapaki-pakinabang kung sakaling mali ang pagtatantya ng programa

-[no]pagsamahin (oo)
H-bonds sa pagitan ng parehong donor at acceptor, ngunit may magkaibang hydrogen ay
itinuturing bilang isang solong H-bond. Pangunahing mahalaga para sa ACF.

-acflen (-1)
Haba ng ACF, ang default ay kalahati ng bilang ng mga frame

-[no] gawing normal (oo)
I-normalize ang ACF

-P (0)
Order of Legendre polynomial para sa ACF (0 ay nagpapahiwatig ng wala): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Wala)
Fit function: wala, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-magsimula (0)
Oras kung saan sisimulan ang exponential fit ng correlation function

-endfit (-1)
Oras kung saan tatapusin ang exponential fit ng correlation function, -1 ay hanggang sa
dulo

KILALA MGA ISYU

· Ang pagpipilian -selos na dating gumagana sa mga piling hbonds ay wala sa ayos, at samakatuwid ay hindi
magagamit pansamantala.

Gumamit ng gmx-hbond online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net